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scanorama:全景拼接单个单元格数据
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2021-05-05
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Scanorama 概述 Scanorama可以批量校正和整合异质scRNA-seq数据集,这在Brian Hie,Bryan Bryson和Bonnie Berger的论文中进行了描述。 该存储库包含Scanorama源代码以及在论文中重现结果所必需的脚本。 Scanorama旨在用于降噪方法下游的scRNA-seq管道,包括用于插补和高度可变的基因过滤的方法。 然后,可以将Scanorama集成和批次校正的结果用作其他工具的输入,以用于scRNA-seq聚类,可视化和分析。 数据草绘工具还可以极大地加快Scanorama集成,如论文并实现。 API示例用法 Scanorama是。 考虑使用此API以便与Scanpy轻松集成。 另外,在顶部的Scanorama源代码中提供了使用基本Scanorama软件包的参数文档。 这是在Python中使用Scanorama的示例用法: #
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scanorama-master.zip (45个子文件)
scanorama-master
bin
parse_oneway.py 2KB
hsc_pval.py 1KB
param_sensitivity.py 6KB
plot_resources.py 2KB
hsc.py 2KB
unsupervised.py 10KB
benchmark.py 891B
pbmc.py 3KB
integration_panorama.py 1KB
293t_jurkat.py 2KB
monocyte_macrophage.py 3KB
silhouette.py 2KB
mouse_brain_sketched.py 3KB
pancreas.py 4KB
pancreas_tests.py 2KB
simulate_nonoverlap.py 2KB
R
monocle_mono_macro.R 2KB
benchmark_seurat.R 3KB
simulate_nonoverlap.R 2KB
benchmark_mnn.R 1KB
scanorama.R 587B
mouse_brain.py 3KB
simulate_rare.py 2KB
different3.py 881B
config.py 404B
different.py 946B
panorama.py 1KB
parse_entropy.py 928B
param_plots.py 2KB
fly_brain.py 1KB
dendritic.py 1KB
time_align.py 3KB
panorama_indiv.py 3KB
er_stress.py 2KB
process.py 8KB
conf
panorama.txt 780B
tests
test_scanorama.py 2KB
LICENSE 1KB
setup.cfg 39B
scanorama
scanorama.py 37KB
utils.py 4KB
__init__.py 48B
setup.py 709B
.gitignore 112B
README.md 11KB
共 45 条
- 1
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AaronGary
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