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DRsims:在水中无鱼的情况下运行生态进化模拟的代码
共15个文件
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2021-03-09
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模拟人生 运行本文的生态进化模拟的代码: Attard等。 (预备中)鱼出水:沙漠中彩虹鱼种群的生态进化动态。 要运行模拟: 在下载仓库 顶层目录DRsimulations /包含Shell脚本,用于运行每个模拟模型的副本, bin /包含用于运行SLiM,处理数据和生成图形的函数和脚本 cd到DRsimulations / gunzip bin/100K_burnin_state.slim.gz 然后只需运行: ./run_NeXXX_SXX_MXX_CXXX.sh 将run_NeXXX_SXX_MXX_CXXX.sh替换为要运行的仿真模型。 代码很丑 :knocked-out_face: 但它可以工作(在MacOS上测试)。 您将需要确保已安装R,perl,SLiM和vcftools。 我认为它也可以在大多数Linux发行版上使用,但是您需要在bin / process_SLiM_vcf.sh中将gcspli
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DRsims-main.zip (15个子文件)
DRsims-main
DRsimulations
bin
100K_burnin_state.slim.gz 37.34MB
process_SLiM_vcf.sh 608B
plot_sims.R 5KB
calc_stats.pl 1KB
.DS_Store 6KB
pop1.inds 189B
pop3.inds 249B
extract_stats.sh 1KB
extract_fst.pl 809B
pop2.inds 199B
DRsims.slim 4KB
.DS_Store 8KB
.DS_Store 8KB
README.md 996B
.gitattributes 66B
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