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bridgebuilder:通过首先构建“桥”引用,先映射到该桥,然后仅将读取的一部分子集重新映射到完整的新引用,BridgeB...
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2021-05-21
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调解人 通过首先构建“桥”引用,先映射到该桥,然后仅将读取的子集重新映射到完整的新引用,BridgeBuilder可以有效地将BAM / SAM读取重新映射到新引用。 [BridgeBuilder系统] 由几个组件组成,包括[Baker] ,[Binnie] ,[Brunel] 和[Brindley] 并且还依赖于[samtools / htslib] 进行SAM / BAM操作。测试使用[bwa] 进行映射(尽管它可能也可能对其他对齐器有用)。 注意:此发行版本中包含的版权声明中使用的年份范围应解释为等同于年份列表,包括指定的第一年和最后一年以及它们之间的所有连续年份。 例如,读为“ Copyright(c)2005,2007- 2009,2011-2012”的版权声明应与读为“ Copyright(c)2005、2007、2008、2009、2011、2011、2012的声明相
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bridgebuilder-master.zip (85个子文件)
bridgebuilder-master
.gitignore 570B
LICENSE 34KB
brindley
Makefile.am 277B
bootstrap 29KB
src
Makefile.am 410B
.gitignore 9B
brindley_log.c 2KB
brindley_coordmap.c 10KB
brindley.c 3KB
brindley.h 1KB
brindley_log.h 1KB
brindley_coordmap.h 1KB
README-hacking 490B
configure.ac 2KB
build-aux
git-version-gen 8KB
README.md 487B
bootstrap.conf 2KB
lib
.gitignore 20B
autogen.sh 198B
m4
.gitignore 65B
README.md 2KB
brunel
Makefile.am 265B
bootstrap 29KB
src
Makefile.am 322B
.gitignore 7B
main.c 11KB
README-hacking 490B
configure.ac 2KB
build-aux
git-version-gen 8KB
README.md 617B
bootstrap.conf 2KB
lib
.gitignore 20B
autogen.sh 198B
m4
.gitignore 65B
test
.gitignore 6B
test_3.bam 289B
test.sh 81B
test_1.sam 882B
test_header.sam 76B
test_3.sam 442B
correct.sam 2KB
test_1.bam 519B
test_2.sam 808B
trans.txt 14B
test_2.bam 538B
baker
README.md 643B
binnie
Makefile.am 275B
po-no
Rules-quot 2KB
remove-potcdate.sin 432B
boldquot.sed 217B
POTFILES.in 115B
en@quot.header 1KB
quot.sed 153B
Makefile.in.in 16KB
Makevars.template 2KB
binnie.en 707B
insert-header.sin 672B
LINGUAS 33B
en@boldquot.header 1KB
bootstrap 29KB
src
Makefile.am 442B
.gitignore 7B
binnie_process.c 50KB
binnie_log.h 1KB
binnie.h 2KB
binnie_process.h 3KB
binnie.c 12KB
binnie_files.c 4KB
binnie_log.c 2KB
binnie_files.h 1KB
README-hacking 490B
configure.ac 3KB
build-aux
git-version-gen 8KB
README.md 960B
bootstrap.conf 2KB
lib
.gitignore 20B
autogen.sh 198B
m4
.gitignore 65B
test
Makefile.am 171B
htscmd.test 328B
in.sam 801B
vars.in 62B
docs
BridgeBuilderSystemDiagram.png 117KB
bridge_builder_v1.png 182KB
testfiles_readme.md 1KB
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- 1
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