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SKESA:SKESA汇编器
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2021-05-02
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如有疑问,请联系Alexandre Souvorov( )Richa Agarwala( ) 引文 Alexandre Souvorov,Richia Agarwala和David J.Lipman。 SKESA:战略性的k-mer扩展,适用于严格的装配。 Genome Biology 2018 19 :153。 介绍 该存储库是两个不同的简短阅读汇编程序和帮助程序的所在地。 这些程序基于de Bruijn图,并共享与k-mer相关的代码。 是用于微生物基因组的序列读取组装器。 它使用保守的启发式方法,旨在在基因组的重复区域产生断裂。 这将导致出色的序列质量,而不会显着影响连续性。 如果需要,可以使用将SKESA重叠群连接到GFA图形中。 是一种基于de Bruijn图的目标富集的器,旨在组装使用Illumina测序的基因组和RNA-seq读数。 结果报告为和中的装配体的两个核苷
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SKESA-master.zip (32个子文件)
SKESA-master
gfa.hpp 239KB
Makefile.nongs 4KB
guidedassembler.hpp 77KB
saute_prot.cpp 18KB
config.hpp 1KB
KmerInit.hpp 4KB
nuc_prot_align.hpp 15KB
guidedgraph.hpp 29KB
Model.hpp 7KB
LargeInt.hpp 21KB
LargeInt1.hpp 8KB
glb_align.cpp 27KB
gfa_connector.cpp 30KB
DBGraph.hpp 26KB
concurrenthash.hpp 69KB
LICENSE 3KB
guidedpath_naa.hpp 35KB
genetic_code.hpp 11KB
ngs_includes.hpp 1KB
README.md 35KB
Makefile 5KB
kmercounter.cpp 8KB
assembler.hpp 53KB
common_util.hpp 27KB
graphdigger.hpp 162KB
readsgetter.hpp 28KB
LargeInt2.hpp 9KB
counter.hpp 28KB
skesa.cpp 25KB
Integer.hpp 21KB
saute.cpp 17KB
glb_align.hpp 6KB
共 32 条
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Airva128
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