约会
BactDating的目标是对细菌系统发生树的节点执行贝叶斯约会。 这通常涉及同时进行分子时钟频率和聚结速度的贝叶斯估计。 其他功能包括推断根位置,丢失采样日期和不同的进化模型。
安装
您可以使用以下命令从github安装BactDating:
devtools :: install_github( " xavierdidelot/BactDating " )
然后可以使用以下方式加载该软件包:
library( BactDating )
例子
这是用法的基本示例。 首先,我们生成1990年至2010年之间每年只有一片叶子的合并树:
tree = simcoaltree( 1990 : 2010 )
plot( tree )
ape :: axisPhylo( backward = F )
接下来,我们基于此定时树生成观察到的系统发育,并执行从根到顶的分析:
obsph
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