FFPEsig:FFPEsig手稿的代码和数据
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2021-03-14
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FFPEsig-main.zip （57个子文件） 
FFPEsig-main 
FFPEsig.py 17KB setup.py 15KB README.md 2KB Data study1_gene_seq.fa 65KB WGS_PCAWG.96.csv 859KB SBS_signatures.csv 56KB study1_BlockageGroup_mutCounts.csv 5KB study2_gene_seq.fa 2.42MB CRC_MSI.samples 243B repaired_profiles_corrected.csv 842KB
fixiationgroup.txt 6.19MB Refitting_Activities_Results_80c_96c.csv 711KB Different_FFPEloads repaired_profiles_corrected_L2.csv 77KB repaired_profiles_corrected_L5.csv 75KB simulated_PCAWG_FFPE_unrepaired_L3.csv 82KB simulated_PCAWG_FFPE_repaired_L1.csv 78KB unrepaired_profiles_corrected_L1.csv 77KB unrepaired_profiles_corrected_L4.csv 77KB repaired_profiles_corrected_L4.csv 76KB repaired_profiles_corrected_L1.csv 77KB simulated_PCAWG_FFPE_unrepaired_L5.csv 91KB unrepaired_profiles_corrected_L3.csv 77KB unrepaired_profiles_corrected_L5.csv 75KB simulated_PCAWG_FFPE_repaired_L4.csv 89KB simulated_PCAWG_FFPE_unrepaired_L1.csv 78KB simulated_PCAWG_FFPE_unrepaired_L4.csv 84KB simulated_PCAWG_FFPE_repaired_L3.csv 85KB unrepaired_profiles_corrected_L2.csv 76KB repaired_profiles_corrected_L3.csv 76KB simulated_PCAWG_FFPE_repaired_L5.csv 101KB FFPE_signatures_stats.csv 7KB WGS_FFPEsamples.SBS96.csv 3KB Refitting_Accuracy_80c_96c.csv 91KB study1_BaselineGroup_mutCounts.csv 15KB CRC_POLE.samples 217B WGS_PCAWG.activities.csv 454KB WGS_opp.csv 2KB unrepaired_profiles_corrected.csv 842KB LocalFFPE_BeforeCorrection_profiles.csv 2KB study2_FFPEonly_mutCounts.csv 3KB simulated_PCAWG_FFPE_repaired.csv 945KB simulated_PCAWG_FFPE_unrepaired.csv 906KB study1_FixationGroup_mutCounts.csv 6KB Copyright.txt 34KB docs 
Comparing_refitting_results_of_96c_80c_sig.html 953KB index.html 45B Correcting_FFPEnoise_in_WGS_FFPE_CRCs.html 1.17MB Correctting_FFPEnoise_in_SimulatedFFPEs_from_PCAWG.html 718KB FFPEsig_discovery.html 924KB Notebooks Comparing_refitting_results_of_96c_80c_sig.ipynb 587KB FFPEsig_discovery.ipynb 503KB Correctting_FFPEnoise_in_SimulatedFFPEs_from_PCAWG.ipynb 385KB Correcting_FFPEnoise_in_WGS_FFPE_CRCs.ipynb 759KB FFPEsig_OUTPUT 
ColoRect-AdenoCA::SP21528_before_correction.pdf 21KB ColoRect-AdenoCA::SP21528_corrected_profile.csv 342B ColoRect-AdenoCA::SP21528_all_solutions.csv 176KB ColoRect-AdenoCA::SP21528_after_correction.pdf 20KB
JinTommy
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