HMMER2GO:注释基因本体术语的DNA序列

HMMER2GO 注释基因本体术语的DNA序列 什么是HMMER2GO？ HMMER2GO是一个命令行应用程序，用于根据查询序列与表示的蛋白质家族的精选HMM模型的相似性，将DNA序列（通常是转录本）映射到 。 这些GO术语映射使您可以推断基因产物的功能，或者在表达研究的情况下推断功能的变化。 生成的GAF映射文件可与Ontologizer或其他工具一起使用，以可视化术语关系及其重要性值的图表。 安装 建议使用 ，如下所示： docker run -it --name hmmer2go-con -v $(pwd)/db:/db:Z sestaton/hmmer2go 这将创建一个名为“ hmmer2go-con”的容器并启动一个交互式外壳。 上面假设您在工作目录中有一个名为db的目录，其中包含数据库文件（已格式化的Pfam HMM文件）和输入序列。 要运行完整的分析，请转到容器