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wustl_docker:与Docker相关的文件可满足WUSTL项目的计算需求
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2021-04-18
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在WUSTL为项目构建Docker映像 细胞游侠(10x Genomics) DockerFile_cellranger-6.0.1 拉取构建的映像: docker pull julianqz/cellranger-6.0.1:latest 用于计算免疫学的定制图像 DockerFile_JZ_v1 建立在jupyter/datascience-notebook 其他Python库: scanpy , presto , changeo 其他R软件包: alakazam , shazam , tigger , scoper (通过install_R_pkgs.R ) 附加库/软件包的版本设置为固定,并在work/docker_build_info.txt中报告 install_R_pkgs.R 安装versions (对于versions::available:versions
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wustl_docker-main.zip (37个子文件)
wustl_docker-main
DockerFile_cellranger-6.0.1 2KB
DockerFile_ubuntu_lsf 235B
wu_cimm
wu_cimm_dowser.R 701B
wu_cimm_imm.R 470B
wu_cimm_seurat.R 450B
wu_cimm_dockerfile 3KB
install_R_pkgs.R 1KB
DockerFile_JZ_v1 2KB
wu_presto
pipelines
presto-clontech.sh 11KB
presto-assemble.sh 9KB
preprocess-phix.sh 7KB
presto-index.sh 6KB
presto-abseq.sh 18KB
presto-filter.sh 7KB
presto-consensus.sh 10KB
protocols
DiNiro2015
DiNiro2015_R2_TS.fasta 100B
DiNiro2015_R1_Mouse_IG_Primers.fasta 310B
Universal
Human_TR_CRegion_RC.fasta 147B
Human_IG_CRegion_RC.fasta 298B
Mouse_TR_CRegion_RC.fasta 187B
Mouse_IG_CRegion_RC.fasta 374B
Stern2014
Stern2014_R1_Human_IG_CPrimers.fasta 135B
Stern2014_R2_Human_IG_VPrimers.fasta 1KB
AbSeq
AbSeq_R1_Human_TR_Primers.fasta 62B
AbSeq_Human_IG_InternalCRegion.fasta 403B
AbSeq_R1_Human_IG_Primers.fasta 227B
AbSeq_R2_TS.fasta 100B
scripts
fetch_phix.sh 1KB
merge_fastq.py 321B
fastq2fasta.py 670B
wu_presto_r.R 545B
wu_presto_dockerfile 4KB
README.md 1KB
wu_base
wu_base_r.R 913B
wu_base_dockerfile 1KB
.gitignore 20B
DockerFile_ubuntu_main 305B
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