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computational-genomics:天普大学的计算基因组学课程-Jody Hey教授
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计算基因组学 天普大学的计算基因组学课程-Jody Hey教授 持有班上的所有模块(每周约1个)。
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computational-genomics-master.zip (98个子文件)
computational-genomics-master
README.md 158B
Module 3 - Barcoding zgrep and Dotplot
Part_1_zgrep
chr21_CM000511.1.16741801.fasta.gz 30KB
chr21_CM000482.1.16741801.fasta.gz 30KB
BASHcommands.txt 745B
Part_3_Human_Genome_Dotplot
human_tbx20_mRNA.fasta 2KB
tbx20_genomic_and_mRNA.jpeg 44KB
human_genomic_tbx20.fasta 52KB
Part_2_Barcoding
week3_seqs_bc.TGCTCGCTGA.fq 230KB
week3_seqs_bc.ATGAGATCTT.fq 236KB
week3part2.py 975B
week3_seqs_bc.TATCCAGCCA.fq 237KB
week3_seqs_bc.CTTGTTACTA.fq 244KB
week3_seqs_bc.CCTCACCAGC.fq 237KB
week3_seqs_bc.fq 2.55MB
week3_seqs_bc.TGAAAATCTT.fq 237KB
week3_seqs_bc.AAGGCACAAG.fq 232KB
week3_seqs_bc.AGGCAGGCAG.fq 235KB
week3_seqs_bc.GTACCGCCGT.fq 240KB
week3_seqs_bc.AGCTCATTTC.fq 236KB
Module 1 - BASH Commands and fasta-fastq Formats
linuxBashCommand.txt 1KB
bonusOutput.txt 71.17MB
output-for-brca.example.illumina.0.1.fastq.txt 191B
week1bonus.py 3KB
GRCH38p2_chr22.fasta.gz 10.76MB
brca.example.illumina.0.1.fastq 8.01MB
GRCH38p2_chr22.fasta 49.16MB
week1part2.py 4KB
output.txt 191B
output-for-GRCH38p2_chr22.fasta.gz.txt 169B
Module 2 - fastq Simulation and Fastqc
chr21_CM000482.1.fasta 32.39MB
chr21_CM000511.1.fasta 32.39MB
Bonus
week2bonus.py 1KB
0.0001-error-bonus-chr21_CM000482.1.16741801.fasta 99KB
0.0001-error-bonus-chr21_CM000511.1.16741801.fasta 99KB
gitlog.txt 2KB
fastqSimulation.py 3KB
week2assignment.docx 16KB
samtools.py 550B
Module 4 - Assemble a Portion of a Diploid Genome
dualpaired21
stats.txt 7KB
LastGraph 822KB
dpaired21.png 30KB
gep.jpeg 130KB
contigs.fa 103KB
single51
single51.png 75KB
stats.txt 6KB
LastGraph 201KB
gep.jpeg 132KB
contigs.fa 107KB
Bonus
results.txt 318B
module4bonus.py 2KB
commands.txt 2KB
paired51
stats.txt 408B
paired51.png 28KB
LastGraph 432KB
gep.jpeg 132KB
contigs.fa 100KB
paired21
stats.txt 6KB
paired21.png 42KB
LastGraph 499KB
gep.jpeg 132KB
contigs.fa 102KB
dualpaired51
dpaired51.png 24KB
stats.txt 416B
LastGraph 683KB
gep.jpeg 133KB
contigs.fa 100KB
Week 4 Summary.pdf 244KB
single21
single21.png 122KB
stats.txt 59KB
LastGraph 246KB
gep.jpeg 132KB
contigs.fa 121KB
Module 7 - RNAseq
genes.fpkm_tracking 174KB
history.txt 229B
RNAseq_experiment.pdf 10KB
igv_bam_gtf.png 155KB
chr22_brain_FPKM.png 25KB
Module_7_Part_1.pdf 84KB
fpkm_histogram.py 453B
Module 5 - bowtie samtools bedtools
2_sorted.png 14KB
history.txt 2KB
hist.py 1KB
2_bedtools.png 26KB
5_bedtools.png 25KB
1_bedtools.png 25KB
0_sorted.png 32KB
readme.md 88B
ComputationalGenomics-Week5Summary.pdf 163KB
0_bedtools.png 25KB
5_sorted.png 6KB
1_sorted.png 12KB
Module 6 - vcf
HG00277.exome.22.variants.10000.vcf 1017KB
history.txt 2KB
MLs_HG00277.exome.22.out 9.25MB
interesting_variation.png 89KB
chr13_1000000_sorted.vcf 110KB
MLs_chr13_1000000.out 11.97MB
getgenotypes.py 8KB
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流浪的夏先森
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