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haystack_bio 表观遗传变异性和母题分析管道 当前版本:0.5.5 概括 Haystack是一套在python 2.7软件包中实现的计算工具套件,名为haystack_bio,用于研究表观遗传变异性,染色质状态的跨细胞型可塑性和转录因子(TF)图案,从而提供了对染色质结构,细胞身份和基因调控的机械洞察力。 通过整合表观基因组,DNA序列和基因表达数据,haystack_bio可识别跨不同细胞类型(称为热点)的高度可变区域以及介导细胞类型特异性变异的潜在调控因子。 haystack_bio可与通过多种细胞类型的ChIP-seq,DNase-Seq和ATAC-seq分析生成的组蛋白修饰和染色质可及性数据一起使用。 另外,还可以整合例如由RNA-seq产生的基因表达数据。 尤其是, haystack_bio会在可变和细胞类型的特定区域内突出显示丰富的TF基序,并在可获得基因表达数据
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haystack_bio:草垛 (100个子文件)
K562H3k27ac_chr21.bam 11.54MB
Gm12878H3k27ac_chr21.bam 8.94MB
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travis_before_install.sh 521B
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