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protein-localization:使用具有线性注意机制的Transformer蛋白嵌入对蛋白质亚细胞位置进行SOTA重新...
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2021-04-06
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蛋白质亚细胞定位预测 :microscope: PyTorch实施用于预测蛋白质的亚细胞定位。 在测试仪上达到83.37%的精度(以前的SOTA是78%)。 要重现只是运行train.py上的嵌入式DeepLoc和inference.py的。 该架构适用于由单个氨基酸序列生成的嵌入,而无需像配置文件嵌入中那样提供其他进化信息。 可以使用库从.fasta文件生成此类嵌入。 快速开始 更改configs/light_attention.yaml的训练和验证文件路径,以指向您的嵌入和重新映射从 configs/light_attention.yaml获得的文件。 然后像这样开始训练。 conda env create -f environment.yml conda activate bio python train.py --config configs/light_attention.yaml tens
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protein-localization:使用具有线性注意机制的Transformer蛋白嵌入对蛋白质亚细胞位置进行SOTA重新预测 (126个子文件)
.gitignore 100B
embedding_similarity.ipynb 12KB
umap_plots.ipynb 5KB
README.md 2KB
.architecture.png 1.59MB
.accuracy.png 225KB
solver.py 16KB
preprocess.py 13KB
general.py 12KB
train.py 7KB
extract_embeddings.py 6KB
embeddings_localization_dataset.py 6KB
tmp2.py 6KB
create_plots.py 6KB
create_plots_mcc.py 6KB
inference.py 5KB
deep_loc.py 4KB
explore_embeddings.py 4KB
tmp.py 4KB
loss_functions.py 3KB
logsparsesoftmax.py 3KB
transforms.py 3KB
multiple_att3.py 3KB
multi_head_attention.py 3KB
tmp1.py 3KB
light_attention_metadata.py 3KB
convs_strange_attend_concat.py 3KB
light_attention.py 3KB
first_attention_cat.py 3KB
bahdanau_attention.py 3KB
light_attention_pssm.py 3KB
tmp3.py 2KB
logsparsemax.py 2KB
conv_max_avg_pool_late_concat.py 2KB
lstm_convs.py 2KB
sparsesoftmax.py 2KB
logsoftmax.py 2KB
multiple_att.py 2KB
data_stats.py 2KB
light_attention_nonlin.py 2KB
convs_attend_concat.py 2KB
conv_max_avg_pool_middle_concat.py 2KB
light_attention_max_ablation.py 2KB
multi_conv_max_avg_pool.py 2KB
light_attention_softmax_ablation.py 2KB
attention_big_dot.py 2KB
parse_pssm_txt_file.py 2KB
lstm_conv.py 2KB
lstm_conv.py 2KB
first_attention_batchnorm.py 2KB
conv_max_avg_pool_small.py 2KB
adaptive_pooling.py 2KB
attention_dot.py 2KB
sparsemax.py 2KB
convs_concat_strange_attend.py 2KB
first_attention_dropout.py 2KB
first_attention_avg.py 2KB
logmax.py 2KB
first_attention.py 2KB
conv_max_self_attention.py 2KB
first_attention_no_dropout.py 2KB
first_attention_sigmoid.py 2KB
attention5.py 2KB
attention3.py 2KB
attention2.py 2KB
conv_self_attention.py 2KB
ffn.py 2KB
attention4.py 2KB
conv_max_avg_smart_pool.py 2KB
second_attention.py 2KB
ffn_late_concat.py 2KB
self_attention_2_layer.py 2KB
convs_max_avg_pool.py 1KB
conv_max_avg_pool_conv.py 1KB
self_attention_max_avg_pool.py 1KB
reduced_conv.py 1KB
convs_avg_poolv2.py 1KB
conv_max_avg_skip_pool.py 1KB
third_attention.py 1KB
conv_max_avg_pool_cls.py 1KB
multi_conv_max_avg_pool_sigmoid.py 1KB
conv_attention.py 1KB
conv_max_avg_pool.py 1KB
conv_max_avg_pool_no_batchnorm.py 1KB
convs_avg_pool.py 1KB
self_attention.py 1KB
conv_tail_pool.py 1KB
conv_avg_smart_pool.py 1KB
multiple_conv_avg_pool.py 1KB
tmp4.py 1KB
conv_avg_pool.py 1KB
conv_max_pool.py 1KB
conv_max_avg_pool_sigmoid.py 1KB
conv_avg_pool_sigmoid.py 1KB
__init__.py 622B
__init__.py 622B
1.yaml 1KB
solubility.yaml 1KB
localizationT5_Uniref.yaml 1KB
solubility_ProtBert.yaml 1KB
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菊次郎的回南天
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