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dartR:导入和分析DArT类型的snp和silicodart数据
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2021-04-13
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导入和分析全基因组限制性片段分析生成的Snp和Silicodart数据 变更日志(新集成功能列表) 通过CRAN安装 该软件包现在位于CRAN上,因此只需输入以下内容即可安装: install.packages("dartR") library(dartR) 现在,它还包括一个不错的教程(在R术语中称为Vignette)。 安装完成后,输入: browseVignettes("dartR") 访问它。 手动安装最新版本(R> 3.5) 要手动安装最新的软件包,请按照以下说明进行操作: 软件包的安装可能无法顺利进行,因为它需要安装其他的生物导体软件包。 要安装软件包和所有依赖项,请复制以下脚本,将其粘贴到R-console中。 (如果幸运的话,它只需安装所有软件包而不会出现任何错误消息就可以了): install.packages("devtools") library(devto
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dartR:导入和分析DArT类型的snp和silicodart数据 (329个子文件)
CITATION 788B
testset_SNPs_2Row.csv 393KB
testset_SilicoDArT.csv 179KB
testset_metadata.csv 14KB
testset_metadata_silicodart.csv 12KB
testset_ind_recode.csv 4KB
platy.csv 909B
testset_pop_recode.csv 660B
DESCRIPTION 3KB
.gitignore 190B
README.md 3KB
NAMESPACE 6KB
dartdata.png 1.53MB
ggplotly.png 240KB
tux_info.png 36KB
plot3d.png 35KB
dartRlogo.png 20KB
dialog_question.png 17KB
penguin_task.png 13KB
gl.nhybrids.r 19KB
gl.pcoa.plot.r 17KB
gl.filter.callrate.r 17KB
gl.pcoa.r 16KB
gl.report.heterozygosity.r 15KB
gl.report.diversity.r 15KB
utils.reset.flags.r 13KB
gl.filter.sexlinked.r 13KB
gl.fixed.diff.r 13KB
gl2fasta.r 12KB
gl.report.sexlinked.r 12KB
utils.outflank.r 12KB
util.outflank.r 12KB
gl.report.hwe.r 11KB
gl.report.ld.r 11KB
gl.read.silicodart.r 10KB
gl.assign.r 10KB
gl.report.callrate.r 10KB
gl.read.csv.r 9KB
gl.collapse.pval.r 9KB
gl.dist.pop.r 9KB
gl.genleastcost.r 9KB
gl.report.secondaries.r 9KB
gl.report.hamming.r 8KB
gl2svdquartets.r 8KB
gl.test.heterozygosity.r 8KB
utils.pa.ind.r 8KB
gl.filter.parent.offspring.r 8KB
gl.dist.ind.r 8KB
gl.report.parent.offspring.r 8KB
utils.dart2genlight.r 7KB
gl.collapse.recursive.r 7KB
gl.report.bases.r 7KB
gl.read.dart.r 7KB
gl.collapse.r 7KB
gl.plot.network.r 7KB
gl.report.rdepth.r 6KB
gl.utils.fdsim.r 6KB
gl.keep.pop.r 6KB
utils.recalc.avgpic.r 6KB
gl.drop.pop.r 6KB
gl.edit.recode.ind.r 6KB
gl.edit.recode.pop.r 6KB
gl.compliance.check.r 6KB
gl.report.locmetric.r 6KB
gl.report.taglength.r 6KB
gl.report.maf.r 6KB
utils.read.dart.r 6KB
gl.recode.ind.r 6KB
gl.grm.r 5KB
gl.ibd.r 5KB
gl.report.RepAvg.r 5KB
gl.filter.locmetric.r 5KB
gl.filter.hamming.r 5KB
gl.join.r 5KB
gl.report.reproducibility.r 5KB
gl.grm.network.r 5KB
gl.recode.pop.r 5KB
gl.report.pa.r 5KB
gl2structure.r 5KB
gl.install.vanilla.dartR.r 5KB
gl.filter.RepAvg.r 5KB
utils.outflank.plotter.r 5KB
util.outflank.plotter.r 5KB
gl.filter.heterozygosity.r 5KB
gl.filter.reproducibility.r 5KB
gl.drop.loc.r 5KB
gl.keep.loc.r 5KB
gl.pcoa.plot.3d.r 5KB
gl.filter.hwe.r 5KB
gl.keep.ind.r 5KB
utils.outflank.diploids.r 5KB
util.outflank.diploids.r 5KB
gl2phylip.r 4KB
gl2shp.R 4KB
utils.hwe.r 4KB
gl.filter.monomorphs.r 4KB
gl.drop.ind.r 4KB
util.outflank.fst.r 4KB
gl.map.interactive.r 4KB
gl.hwe.pop.r 4KB
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