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单核细胞
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2021-02-16
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单核细胞 一种降维方法,通过学习编码单个细胞的稀疏基因来促进针对目标基因谱的基因选择。 介绍 scPNMF是通过学习编码单个细胞的稀疏基因来促进针对目标基因分析的基因选择的方法。 与现有的基因选择方法相比, scPNMF具有两个优点。 首先,它选择的信息基因可以更好地区分细胞类型,数量少,例如<200个基因。 其次,它可以使新的靶向基因分析数据与参考数据在低维空间中对齐,以帮助预测新数据中的细胞类型。 安装 scPNMF可以从GitHub被安装在下面的代码R install.packages( " devtools " ) library( devtools ) install_github( " JSB-UCLA/scPNMF " ) 用法 有关scPNMF方法和应用程序的详细信息,请检出包,或在R使用以下代码: install_github( " JSB-UCLA/scPNMF "
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scPNMF-main.zip (29个子文件)
scPNMF-main
.gitignore 804B
NAMESPACE 391B
vignettes
scPNMF.Rmd 9KB
R
data.R 342B
RcppExports.R 677B
basisSelect.R 2KB
pNMF_func.R 4KB
basisAnnotate.R 5KB
basisTest.R 3KB
Utility.R 77B
getApp.R 2KB
data
zheng4.rda 4.85MB
src
RcppExports.cpp 4KB
all_func.cpp 5KB
.Rbuildignore 41B
.DS_Store 10KB
scPNMF.Rproj 303B
man
PNMFfun.Rd 3KB
basisTest.Rd 823B
zheng4.Rd 583B
getProjection.Rd 417B
basisSelect.Rd 1KB
basisAnnotate.Rd 2KB
getInfoGene.Rd 682B
README.md 1KB
tests
testthat.R 56B
testthat
test-scPNMF.R 1KB
inst
docs
scPNMF.html 1.81MB
DESCRIPTION 841B
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WiwiChow
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