没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
Pathoscope:在 Nextgen seq 比对文件 (sam/bl8) 中预测基因组菌株-开源
需积分: 23 1 下载量 200 浏览量
2021-06-27
10:53:43
上传
评论 1
收藏 27.95MB GZ 举报
温馨提示
共116个文件
py:44个
sam:22个
txt:13个
此页面用于存档目的。 请访问 github 以获取最新版本的软件:https://github.com/pathoscope PathoScope 从混合样本中获取下一代测序读数并预测存在哪些基因组。 我们使用贝叶斯框架结合基于初始参考的比对将读数分配给正确的起源基因组。 Pathoscope 2.0:Wiki:http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/Home/ 教程:http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf 临床病理镜版本:http: //sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/clinical_pathoscope/PathoQC 下载:http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download 出版物:http://www.microbiomejournal。 com/content/2/1/
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
Pathoscope:在 Nextgen seq 比对文件 (sam/bl8) 中预测基因组菌株-开源 (116个子文件)
make.bat 5KB
ex3.bl8 2KB
ex3.bl8 2KB
ex2.bl8 2KB
ex2.bl8 2KB
ex1.bl8 2KB
ex1.bl8 2KB
ex4.bl8 2KB
ex4.bl8 2KB
setup.cfg 297B
genomes.fa 439B
genomes.fa 439B
ex3.fa 285B
ex3.fa 285B
ex2.fa 254B
ex2.fa 254B
ex1.fa 180B
ex1.fa 180B
ex4.fa 178B
ex4.fa 178B
target_aligned.fq 745B
MANIFEST.in 218B
Makefile 5KB
README.md 8KB
pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf 2.96MB
PKG-INFO 3KB
PKG-INFO 3KB
test_argparse.py 139KB
argparse.py 86KB
testPathoID.py 37KB
pathoLib.py 35KB
testPathoID.py 26KB
pathoscope2.py 20KB
PathoID.py 15KB
runClinicalPathoscope.py 14KB
PathoID.py 13KB
dbUtils.py 12KB
PathoReportA.py 11KB
ez_setup.py 11KB
xmlReport.py 10KB
PathoMapA.py 10KB
samUtils.py 9KB
conf.py 7KB
bowtie2Wrap.py 5KB
pathoUtilsA.py 5KB
updatedFastq_host.py 4KB
updatedFastq.py 4KB
seqParse.py 3KB
app_build_nt_tgt.py 3KB
pathoscope_id.py 3KB
pathoscope.py 3KB
testBowtie2Wrap.py 3KB
app_gb2mysql.py 3KB
splitSequences.py 1KB
setup.py 1KB
app_build_nt_tgt9606.py 1KB
pathoscope_util.py 1KB
combineSams.py 1KB
cutFastaSequences.py 813B
checkLength.py 748B
install.py 567B
setup.py 379B
__init__.py 174B
__main__.py 80B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
README 13KB
README 8KB
README 3KB
argparse.rst 64KB
index.rst 433B
license.rst 218B
MAP_3852_align.sam 108.74MB
updated_MAP_3852_align.sam 3.86MB
ex2.sam 3KB
ex2.sam 3KB
ex3.sam 2KB
ex3.sam 2KB
ex2.g.sam 2KB
ex2.g.sam 2KB
ex1.sam 2KB
ex1.sam 2KB
target.sam 2KB
filter1.sam 2KB
ex3.g.sam 2KB
ex3.g.sam 2KB
ex4.sam 1KB
ex4.sam 1KB
filter2.sam 1KB
ex1.g.sam 1KB
ex1.g.sam 1KB
ex4.g.sam 991B
ex4.g.sam 991B
pathomap_filtered.sam 424B
run_example.sh 441B
共 116 条
- 1
- 2
资源评论
韦先波
- 粉丝: 73
- 资源: 4678
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功