Pathoscope:在 Nextgen seq 比对文件 (sam/bl8) 中预测基因组菌株-开源
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2021-06-27
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Pathoscope:在 Nextgen seq 比对文件 (sam/bl8) 中预测基因组菌株-开源 （116个子文件） 
make.bat 5KB ex3.bl8 2KB ex3.bl8 2KB ex2.bl8 2KB ex2.bl8 2KB ex1.bl8 2KB ex1.bl8 2KB ex4.bl8 2KB ex4.bl8 2KB setup.cfg 297B genomes.fa 439B genomes.fa 439B ex3.fa 285B ex3.fa 285B ex2.fa 254B ex2.fa 254B ex1.fa 180B ex1.fa 180B ex4.fa 178B ex4.fa 178B target_aligned.fq 745B MANIFEST.in 218B Makefile 5KB README.md 8KB
pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf 2.96MB PKG-INFO 3KB PKG-INFO 3KB test_argparse.py 139KB argparse.py 86KB testPathoID.py 37KB pathoLib.py 35KB testPathoID.py 26KB pathoscope2.py 20KB PathoID.py 15KB runClinicalPathoscope.py 14KB PathoID.py 13KB dbUtils.py 12KB PathoReportA.py 11KB ez_setup.py 11KB xmlReport.py 10KB PathoMapA.py 10KB samUtils.py 9KB conf.py 7KB bowtie2Wrap.py 5KB pathoUtilsA.py 5KB updatedFastq_host.py 4KB updatedFastq.py 4KB seqParse.py 3KB app_build_nt_tgt.py 3KB pathoscope_id.py 3KB pathoscope.py 3KB testBowtie2Wrap.py 3KB app_gb2mysql.py 3KB splitSequences.py 1KB setup.py 1KB app_build_nt_tgt9606.py 1KB pathoscope_util.py 1KB combineSams.py 1KB cutFastaSequences.py 813B checkLength.py 748B install.py 567B setup.py 379B __init__.py 174B __main__.py 80B __init__.py 0B __init__.py 0B __init__.py 0B __init__.py 0B __init__.py 0B __init__.py 0B __init__.py 0B README 13KB README 8KB README 3KB argparse.rst 64KB index.rst 433B license.rst 218B MAP_3852_align.sam 108.74MB updated_MAP_3852_align.sam 3.86MB ex2.sam 3KB ex2.sam 3KB ex3.sam 2KB ex3.sam 2KB ex2.g.sam 2KB ex2.g.sam 2KB ex1.sam 2KB ex1.sam 2KB target.sam 2KB filter1.sam 2KB ex3.g.sam 2KB ex3.g.sam 2KB ex4.sam 1KB ex4.sam 1KB filter2.sam 1KB ex1.g.sam 1KB ex1.g.sam 1KB ex4.g.sam 991B ex4.g.sam 991B pathomap_filtered.sam 424B run_example.sh 441B共 116 条
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