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pathoscope
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2013-11-22
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Pathoscope is a program that takes alignment of next-generation sequencing reads from a mixture sample of multiple strains of genomes and it predicts which genomes potentially belongs there.
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pathoscope.zip (70个子文件)
pathoscope
pathoassem
pathoAssem.py 4KB
app_sam2bam_in_huge_ref.py 1KB
__init__.py 0B
utils
pathoUtils.pyc 25KB
samUtils.pyc 4KB
samUtils.py 6KB
pathoUtils.py 18KB
__init__.pyc 144B
__init__.py 0B
seqParse.py 3KB
pathoUtilsA.pyc 5KB
seqParse.pyc 3KB
pathoUtilsA.py 5KB
patholib
pathoLib.pyc 27KB
app_build_nt_tgt.py 3KB
__init__.pyc 147B
__init__.py 0B
app_build_nt_tgt9606.py 1KB
pathoLib.py 34KB
app_gb2mysql.py 3KB
README 3KB
__init__.pyc 138B
pathodb
dbUtils.py 16KB
__init__.pyc 146B
__init__.py 0B
dbUtils.pyc 10KB
pathoqc
__init__.py 0B
pathoqc.py 4KB
pathoqc_debug.py 2KB
pathoQcLib.py 26KB
dep
utils
chopFqSlideW.pl 2KB
fastaQual2fastq.pl 926B
python_modules
cutadapt-1.2.1.tar.gz 103KB
pp-1.6.4.tar.gz 29KB
fastqc_v0.10.1.zip 583KB
prinseq-lite-0.20.3.tar.gz 516KB
__init__.py 240B
doc
mysql_setup.txt 301B
example
example.sh 524B
pathoscope.py 14KB
config
example.conf 318B
pathoid
__init__.pyc 146B
PathoID copy.py 16KB
pathoscope_id.py 3KB
__init__.py 0B
unittest
testPathoID.py 7KB
PathoID.pyc 13KB
PathoID.py 17KB
pathoscope_setup.py 7KB
pathoreport
PathoReportA.pyc 6KB
__init__.pyc 150B
__init__.py 0B
xmlReport.pyc 11KB
Example
Example1_description.xml 608B
Example1.sam 3.37MB
pathoReport.py 9KB
PathoReportA.py 8KB
xmlReport.py 9KB
LICENSE_GPL.TXT 32KB
pscope2.py 6KB
README 6KB
pathomap
__init__.pyc 147B
__init__.py 0B
bowtie2wrapper
__init__.pyc 162B
bowtie2Wrap.py 5KB
__init__.py 0B
bowtie2Wrap.pyc 5KB
PathoMapA.py 9KB
pathoMap.py 32KB
PathoMapA.pyc 6KB
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