BIMM-143-Python-Project-3
肺炎支原体和CM发光动物,CM肠和CM阿尔弗斯菌在16s和23s rRNA比较中具有高度相似性,这表明这两组具有共同的进化祖先,其缺乏细胞壁并居住在人体中。
您将需要一些文件才能充分运行代码:
Jupyter笔记本
所使用序列的FASTA文件(在此处上传)
关于在何处找到FASTA文件的信息:每个古细菌物种分别提供了三个肺炎支原体16s rRNA和一个16s rRNA,以进行第一次局部成对比对。每个第二古细菌物种提供了三种肺炎支原体23 rRNA和一种23 rRNA,用于第二次局部配对配对比对。所有16s / 23s rRNA基因序列均来自GenBank,即NIH遗传序列数据库。 GenBank是与日本数据库和欧洲核苷酸档案馆进行的“国际核苷酸序列数据库合作”的一部分。截至2021年2月,仅GenBank中就有2.26亿个序列,全基因组