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minimap2:适用于基因组和剪接核苷酸序列的通用成对比对器
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2021-02-28
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入门 git clone https://github.com/lh3/minimap2 cd minimap2 && make # long sequences against a reference genome ./minimap2 -a test/MT-human.fa test/MT-orang.fa > test.sam # create an index first and then map ./minimap2 -x map-ont -d MT-human-ont.mmi test/MT-human.fa ./minimap2 -a MT-human-ont.mmi test/MT-orang.fa > test.sam # use presets (no test data) ./minimap2 -ax map-pb ref.fa pacbio.fq.gz > aln.
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minimap2-master.zip (83个子文件)
minimap2-master
setup.py 2KB
.gitignore 58B
misc.c 4KB
ksw2_extz2_sse.c 13KB
NEWS.md 21KB
ksw2_dispatch.c 4KB
sketch.c 6KB
kvec.h 3KB
ksw2_exts2_sse.c 18KB
pe.c 6KB
Makefile 4KB
ksort.h 5KB
kthread.c 4KB
sdust.h 574B
kalloc.h 973B
Makefile.simde 3KB
sse2neon
emmintrin.h 76KB
chain.c 6KB
.travis.yml 603B
MANIFEST.in 239B
index.c 20KB
tex
mm2-s3.sam.eval 2KB
snap-s3.sam.eval 2KB
Makefile 423B
natbib.sty 34KB
hs38-simu.sh 1KB
mm2.approx.eval 335B
eval2roc.pl 580B
mm2.eval 363B
graphmap.eval 98B
minialign.eval 1KB
blasr-mc.eval 366B
minimap2.bib 10KB
minimap2.tex 37KB
bwa-s3.sam.eval 2KB
roc.gp 2KB
bioinfo.cls 27KB
bowtie2-s3.sam.eval 976B
natbib.bst 26KB
bwa.eval 1KB
ngmlr.eval 849B
mmpriv.h 5KB
options.c 7KB
kdq.h 4KB
ksw2.h 8KB
LICENSE.txt 1KB
example.c 2KB
.gitmodules 85B
esterr.c 2KB
map.c 26KB
README.md 19KB
python
cmappy.h 4KB
mappy.pyx 8KB
minimap2.py 1KB
README.rst 6KB
cmappy.pxd 3KB
ksw2_extd2_sse.c 17KB
format.c 18KB
hit.c 17KB
khash.h 21KB
bseq.c 5KB
FAQ.md 2KB
kthread.h 291B
lib
simde
splitidx.c 2KB
minimap2.1 19KB
kalloc.c 7KB
cookbook.md 10KB
minimap.h 13KB
misc
README.md 7KB
paftools.js 92KB
main.c 20KB
kseq.h 9KB
bseq.h 2KB
test
q2.fa 44B
q-inv.fa 11KB
t-inv.fa 7KB
t2.fa 79B
MT-orang.fa 16KB
MT-human.fa 16KB
align.c 33KB
sdust.c 6KB
ketopt.h 4KB
ksw2_ll_sse.c 5KB
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mckaywrigley
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