covid-quantification:量化COVD-19感染RNA-Seq样品的管道

人类基因和SARS-CoV-2转录本的RNA-Seq定量管线，使用的是烟管和蛇形 这条管线使用鲑鱼量化RNA测序样品和编译探索性分析的转录物的TPM与这个工作流程中，所述的最终输出文件results_TPM.tsv ，可以直接导入在MetaOmGraph与元数据文件一起。 建立conda环境 请安装conda 运行conda env create -f env.yaml 激活环境： conda activate pyrpipe_covid 准备参考数据 要下载使用的参考数据，请运行以下命令 bash prepare_data.sh 或者，编辑config.yaml以更改参考文件 bash prepare_data.sh还将使用整个基因组序列作为诱饵来创建鲑鱼索引。 用户可以在bash prepare_data.sh文件中进行编辑。 参数 所有工具参数均在params目录中指定。 要修