没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
rnaquast:从RNA-Seq数据进行从头转录组组装的质量评估
共94个文件
py:80个
fasta:3个
txt:2个
需积分: 18 1 下载量 34 浏览量
2021-05-16
05:20:55
上传
评论
收藏 5.34MB ZIP 举报
温馨提示
rnaQUAST 2.2.0手册 1. 2.2.1。 2.2。 2.3。 3.3.1。 3.2。 3.3。 4.4.1。 报告书4.2。 详细输出4.3。 情节5.引文6.反馈和错误报告 1关于rnaQUAST rnaQUAST是使用参考基因组和基因数据库评估RNA-Seq装配的工具。 此外,rnaQUAST还能够通过原始读取和使用第三方软件进行的从头质量评估来估计基因数据库的覆盖率。 rnaQUAST版本2.2.0在GPLv2下于2020年11月23日发布,可以从http://cab.spbu.ru/software/rnaquast/或https://github.com/ablab/rnaquast/releases下载。 对于急躁的人: 您将需要Python, gffutils , matplotlib和joblib 。 另外,您还需要在计算机上安装GMAP (或BL
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
rnaquast-master.zip (94个子文件)
rnaquast-master
GPLv2.txt 18KB
metrics
TranscriptsMetrics.py 17KB
GeneDatabaseMetrics.py 5KB
ReadsCoverage.py 9KB
SimpleTranscriptsMetrics.py 25KB
AssemblyCorrectnessMetrics.py 2KB
OneTranscriptCoverage.py 5KB
IsoformsCoverage.py 22KB
BasicTranscriptsMetrics.py 3KB
__init__.py 20B
TranscriptsCoverage.py 10KB
FusionMisassembleMetrics.py 10KB
AssemblyCompletenessMetrics.py 16KB
InternalIsoformsCoverage.py 2KB
quast_libs
qconfig.py 28KB
reporting.py 31KB
N50.py 2KB
plotter_data.py 2KB
plotter.py 34KB
site_packages
_bz2.py 4KB
joblib2
testing.py 410B
hashing.py 6KB
logger.py 5KB
parallel.py 19KB
func_inspect.py 9KB
disk.py 3KB
__init__.py 4KB
numpy_pickle.py 15KB
format_stack.py 16KB
memory.py 22KB
my_exceptions.py 3KB
_compression.py 5KB
__init__.py 0B
ordered_dict.py 9KB
bz2.py 12KB
joblib3
testing.py 410B
hashing.py 9KB
pool.py 23KB
_multiprocessing_helpers.py 1KB
logger.py 5KB
parallel.py 35KB
func_inspect.py 11KB
_memory_helpers.py 4KB
disk.py 3KB
__init__.py 5KB
numpy_pickle.py 17KB
format_stack.py 15KB
memory.py 36KB
_compat.py 216B
my_exceptions.py 3KB
__init__.py 0B
fastaparser.py 8KB
qutils.py 39KB
log.py 11KB
general
UtilsTools.py 25KB
UtilsAnnotations.py 12KB
best_alignment_set.py 4KB
markdown_to_github_html.py 2KB
parallel_blat_run.py 7KB
misfinder.py 22KB
UtilsCoverage.py 12KB
rqconfig.py 2KB
__init__.py 20B
UtilsGeneral.py 13KB
log.py 14KB
UtilsPipeline.py 28KB
UtilsAlignment.py 44KB
rnaQUAST.py 16KB
objects
GTFFileAnnotation.py 3KB
SortedExonsAttributes.py 3KB
AlignedTranscript.py 2KB
Alignment.py 25KB
__init__.py 20B
paste_reports_together.py 4KB
LICENSE 1KB
report
UtilsPictures.py 14KB
ShortReport.py 34KB
ComparisonReport.py 2KB
__init__.py 26B
TXTMetricsReport.py 62KB
SeparatedReport.py 6KB
DistributionReport.py 38KB
VERSION 6B
requirements.txt 91B
changelog.html 702B
test_data
idba.fasta 995KB
Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.gtf 8.73MB
spades.311.fasta 1.31MB
Trinity.fasta 762KB
Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.dna.toplevel.fa 11.79MB
fig1.png 26KB
make-targz.sh 1024B
README.md 25KB
manual.html 29KB
共 94 条
- 1
资源评论
pangchenghe
- 粉丝: 32
- 资源: 4535
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功