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F3UTER:查找3'未翻译的表达区域
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2021-02-11
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F3UTER-查找3'未翻译的表达区域 该存储库包含F3UTER的分析代码。 执照 版权所有2020 Astex Therapeutics Ltd. 该存储库是免费软件:您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款(许可的版本3)或(根据您的选择)任何更高版本来重新分发和/或修改它。 分发此存储库是希望它会有用,但没有任何担保; 甚至没有对适销性或特定用途适用性的暗示保证。 有关更多详细信息,请参见文件(GNU通用公共许可证)。 内容 内容按执行分析的顺序列出。 1. Zhang等人2020年的ER数据处理 脚本 描述 按组织拆分ER 向ER添加其他基因信息 选择基因间ER进行分析 比较3'基因间ER与5'基因间ER 2. 脚本 描述 选择和处理区域进行培训 3. 计算组学特征,可应用于训练区域和急诊室 脚本 描述 扫描Poly(A)信号(特征数量,n =
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F3UTER-master.zip (67个子文件)
F3UTER-master
GTEx_predictions
calculate_cncr_score.R 647B
calculate_gtex_prediction_numbers.R 3KB
generate_categorised_geneLists_and_tables.R 16KB
generate_gtex_predictions.R 2KB
merge_gtexErData_with_predictions.R 2KB
categorise_er_tissue_specificity.R 8KB
perform_cncr_analysis.R 6KB
OmicFeature_generation
transposons_overlap.R 2KB
dna_structural_features.R 8KB
expression_features.R 4KB
nucleotide_frequency.R 2KB
polyA_signal.R 2KB
sequence_conservation.R 1KB
Training_data_generate
training_data_regions_generate.R 11KB
LICENSE 34KB
GTEx_predictions_RBP_analysis
rbp_fimo_summarise.R 1KB
images
ecdf.png 282KB
density.png 285KB
rbp_method.PNG 1.98MB
rbp_fimo_summary_plot.R 10KB
get_fasta_er_predictions.R 1KB
attract_db_filter_metaDataFile.R 408B
attract_db_filter_pwmFile.pl 2KB
README.md 3KB
F3UTER_app
app_functions.R 17KB
www
shiny_f3uter_homePage.png 234KB
f3uter_accessing_tab.png 12KB
f3uter_gene_table.png 179KB
f3uter_input.png 32KB
f3uter_genome_view.png 125KB
umu_logo.jpg 20KB
astexlogo.gif 4KB
ucl_logo.png 3KB
Thumbs.db 15KB
f3uter_selecting_er.png 172KB
f3uter_feature_plot.png 240KB
app.R 39KB
rsconnect
shinyapps.io
astx
F3UTER.dcf 204B
Uni-Multi_variate_analysis
RF_vs_LR_analysis.R 4KB
umap_analysis.R 3KB
classification_models.pbs 202B
run_classification_models.pl 380B
univariate_analysis.R 49KB
randomForestMultinomial_model.R 5KB
elasticNetMultinomialLR_model.R 5KB
make_ml_table.R 4KB
summarise_multinomial_models.R 4KB
plot_multinomial_models.R 3KB
F3UTER_evaluation
plot_roc_pr_curves.R 4KB
run_f3uter_cv.pl 365B
f3uter.pbs 120B
f3uter_trained_model.R 1KB
summarise_f3uter_cv.R 18KB
f3uter_cv.R 6KB
Bcell_validation
permute_random_intergenic_ERs.pl 1015B
compare_knownThreePrime_with_polya.R 2KB
merge_erData_with_predictionData.R 1KB
generate_Bcell_ers.txt 953B
compare_BcellErs_with_polya.R 14KB
regions_to_exclude_for_permutation.R 1KB
generate_Bcell_predictions.R 1KB
ER_data_processing
er_split_by_tissue.R 549B
er_3prime_vs_5prime_analysis.R 10KB
er_dataset_generate_for_analysis.R 8KB
OMIM_gtex_tissue_name_formatting.csv 9KB
er_initial_processing.pl 5KB
README.md 7KB
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仰光的瑞哥
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