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MD-Simulation:用于获取蛋白质和肽分子结构,将肽对接到蛋白质中并在大量轨迹上进行分子动力学模拟的通用工作流程
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2021-04-28
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MD模拟 该存储库包含用于肽-蛋白质对接过程的代码库(“对接”文件夹)和用于使用Amber程序套件(“模拟”文件夹)运行50纳秒分子动力学仿真的代码库。 同样在这里,我们还完整描述了正确设置和执行仿真所需的各个步骤。 分子建模模拟包括2个模型。 第一个模型使用了乳链菌肽突变体的残基22-34的构型,其中残基29是丝氨酸并且在结构上对齐,使得残基22-34适合于NSR分子的隧道区域。 仅在这次残基29已突变为脯氨酸时,第二种模型也被比对以适合NSR酶的隧道区域。 创建NSR-Nisin pdb文件 要为NSR-Nisin复合体创建pdb文件,需要对NSR和Nisin的单个文件进行处理。 像这样使用R包bio3d可以很容易地满足这个要求 > install.packages("bio3d") > library(bio3d) > # This code fetches the NSR pdb
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MD-Simulation-master.zip (51个子文件)
MD-Simulation-master
Simulation
trajfiles.proval.ptraj 502B
heat.in 284B
prod.in 279B
equib4.in 272B
DBB.cif 5KB
prodser1ns1.in 221B
equib5.in 272B
equib2.in 272B
trajfiles.rmstime50.ptraj 1KB
dbb.mc 111B
hbondtraj.ptraj 2KB
extra.frcmod 1KB
trajfiles.rmsdpv.ptraj 540B
dha.mc 111B
trajfiles.rmsdpvtime.ptraj 474B
README.md 2KB
DHA.cif 5KB
nisinmol7.pdb 10KB
equib6.in 272B
trajfiles.rmsd.ptraj 1KB
equib.in 272B
trajfiles.rmsd50.ptraj 1KB
equib3.in 272B
min.in 232B
trajfiles.atom2.ptraj 1KB
min2.in 233B
equib7.in 270B
Docking
4Y68_A.pdb 222KB
1wco_N.pdb 15KB
nisnPROVAL.pdb 9KB
2012_ADTtut.pdf 953KB
config.txt 177B
034-chimera_vina.pdf 4.21MB
README.md 2KB
READMEFIRST.md 2KB
README.md 32KB
MolecularModelling.pdf 187KB
Rcode
SER236OtoCYS28Cnyl50 1.43MB
rmsd.R 4KB
FINAL_DECOMP_MMPBSAser50.xlsx 21KB
FINAL_DECOMP_MMPBSA50PROVAL.xlsx 21KB
All.UU.avg.all10proval.dat 193KB
SER236OtoCYS28Cnylproval50 1.72MB
hbondprovalsnisinPROVAL2 18KB
distance.R 2KB
rmsdnisinovertime 1.05MB
README.md 3KB
Bindingenergy.R 3KB
rmsdpvovertime 1.05MB
All.UU.avg.all49ser.dat 207KB
hbonds.R 3KB
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愛幻想的小水瓶
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