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non-coinciding_cDNA_starts
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2021-05-12
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iCLIP深入了解iCLIP实验的设计和解释 所有源代码都是在符合OSI的开源许可证( )下发布的。 #衔接子序列的修饰在定位cDNA之前,我们去除了随机条形码并修剪了3´Solexa衔接子序列。 使用以下参数,通过FASTX-Toolkit 0.0.13适配器删除软件对适配器序列进行修整:-Q 33 -a AGATCGGAAG -c -n -l26。对于不包含适配器序列一部分的读取,-C参数为使用,并分别进行了分析。 #PTBP1和U2AF65 iCLIP的基因组作图我们使用UCSC hg19 / GRCh37基因组装配和Bowtie2 2.1对齐软件,其默认设置将唯一映射的cDNA接受到单个基因组位置,最多允许2个错配。 定位后,将具有相同随机条形码且定位到基因组上相同起始位置的cDNA认为是PCR扩增的结果,并将其折叠成单个cDNA。 #eIF4A3 iCLIP的转录组作图为
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non-coinciding_cDNA_starts-master.zip (41个子文件)
non-coinciding_cDNA_starts-master
Normalisation_and_density_graphs_eIFA3
normalisation_and_density_graph-eIFA4.R 6KB
.Rhistory 3KB
5p_marker-read_through_vs_truncated-cDNAs-mapping
FASTQ2FASTA-swap_barcode_to_header-readThrough.py 1KB
mapping_to_genome-PTBP1_iCLIP-pipeline.sh 3KB
mapping_to_transcriptome-eIFA3_iCLIP-pipeline.sh 3KB
Other_scripts
get_density_of_deletions.py 3KB
get_density_of_C2T_transitions.py 3KB
kmer_finder.py 2KB
flankBEDpositions.py 1KB
Genome_mapping_of_PTBP1_U2AF65_iCLIP
swap_barcode_to_header.py 905B
mapping_to_genome-PTBP1_U2AF65_CLIP-pipeline.sh 2KB
mapping_to_genome-PTBP1_U2AF65_iCLIP-pipeline.sh 3KB
.DS_Store 12KB
Identify_significantly_cross-linked_clusters
genes.gtf.gz 767KB
BEDtoXlink.py 1007B
get_cross-link_clusters.sh 1KB
BEDsum-iCount.py 1KB
cDNAstart-cDNAend-peak_finder_and_density_graphs_eIFA3
draw_a_density_map_around_cDNAstart-end-peaks.R 8KB
get_cDNAend_peaks.R 2KB
select_top1000_transcripts.R 1KB
main_get_cDNAstart-end_peaks.sh 1KB
getRNAmapPositions-both-directions-filter100_100.py 3KB
get_cDNAstart_peaks.R 2KB
README.md 9KB
Normalisation_and_density_graphs_PTBP1_U2AF65
normalisation_and_density_graph-PTBP1.R 9KB
flankBEDpositionsCustom.py 1KB
getStartAndEnd-BED.py 1KB
normalisation_and_density_graph-PTBP1.sh 2KB
HeatMaps_of_PTBP1-motifs_around-eCLIP-iCLIP-irCLIP-clusters-PTBP1
draw-HeatMap.R 983B
data
PTBP1-irCLIP.3nt.peaks.3nt.clusters.bed.gz 10.31MB
kmers-PTBP1-motifs-iCLIP3-Jan-zscore300.tab 414B
PTBP1-iCLIP1.3nt.peaks.3nt.clusters.bed.gz 10.23MB
PTBP1-eCLIP.3nt.peaks.3nt.clusters.bed.gz 989KB
PTBP1-iCLIP2.3nt.peaks.3nt.clusters.bed.gz 1.83MB
make_HeatMap.sh 882B
flank_clusters.py 2KB
kmer_coverage-grouped_clusters.py 5KB
get_cluster_length.R 326B
Transcriptome_mapping_of_eIF4A3_iCLIP
swap_barcode_to_header.py 904B
mapping_to_transcriptome-eIFA3_iCLIP-pipeline.sh 3KB
mapping_to_transcriptome-eIFA3_CLIP-pipeline.sh 3KB
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晨曦姜
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