gpu-genomics

gpu-基因组学 我想尝试优化我在 Coursera 生物信息学课程中学到的一些算法。 我听说过使用 CUDA C 访问 GPU 进行大规模并行计算，但我想用 Clojure 做类似的事情。 我找到了 aparapi-matrix 库，它提供了使用 Java 的 aparapi 库通过 clojure 与 OpenCL 交互的很好的例子。 我刚开始尝试这个，但我认为我将能够通过使用字节比较算法来优化汉明距离和其他函数。 起初我想为基础 ACGT（2 位空间）写这个，然后尝试为氨基酸（64 位空间）重新编写它。 之后，我想看看我是否可以并行计算字符串的邻域的算法。 同样，首先是 ACGT，然后是 Aminos。 用法 您需要从下载 Aparapi 项目和 JAR。 您需要将其放在/opt/文件夹中或更新project.clj的路径。 在运行lein repl之前，您可能需要运行lein