tandem:C ++串联重复查找库

一前一后 串联是一个小的C ++ 14库，用于查找字符串中的串联重复。 目前，它仅找到精确的重复，但我可能会在某个时候扩展此范围以找到近似的重复。 main.cpp包括一个用于DNA / RNA序列的简单命令行工具。 您可以使用CMake构建它： $ mkdir build && cd build $ cmake .. $ make 命令行工具读取输入流并报告重复： echo NNNACGTACGTNNAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGNNNNNNNN | ./tandem 要查找FASTA参考基因组中的重复序列，可以使用在我的项目找到的命令行工具： ./fasta human_g1k_v37.fasta Y | ./tandem 要以CSV格式报告所有重复，请在命令中添加-c -a ： ./fasta human_g1k_v37.fasta