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dualingTrees-pkg:可视化系统发育相互作用
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2021-05-16
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dualingTrees R软件包 詹姆斯·梅多 5/19/2017 此软件包旨在产生一种可视化类型:由生态相互作用产生的系统发育效应大小。 它旨在可视化菌根相互作用,但只要两个系统发育的成员以某种方式相互作用,就可以更广泛地应用它。 该工作源自Chaudhary等人宣布的MycoDB长期合作。 (2016; )。 即将发布其他出版物,包括围绕此包中示例使用的数据的出版物。 安装: 目前仅位于GitHub上,因此您可以使用devtools安装: library(devtools) install_github("jfmeadow/dualingTrees-pkg", subdir="dualingTrees") 工作流程: 您将至少需要3个对象才能生成图形: x_tree :上轴上的树的phylo对象(请参见ape包)。 y_tree :左轴上的树的phylo对象(请参见
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dualingTrees-pkg-master.zip (80个子文件)
dualingTrees-pkg-master
.gitignore 40B
dualingTrees
NAMESPACE 482B
R
input_trees.R 11KB
blank_plot.R 449B
.DS_Store 6KB
simple_cap.R 210B
rand_string.R 252B
plot_trees.R 14KB
prune_sample.R 320B
data
blup.RData 8KB
plant_tree.RData 7KB
plant_tree_blup.RData 2KB
mycor_ei.RData 34KB
fungal_tree_blup.RData 1KB
fungal_tree.RData 1KB
.Rbuildignore 28B
.DS_Store 10KB
man
plot_trees.Rd 5KB
fungal_tree_blup.Rd 355B
fungal_tree.Rd 453B
input_trees.Rd 6KB
simple_cap.Rd 390B
prune_sample.Rd 777B
plant_tree_blup.Rd 352B
blank_plot.Rd 507B
blup.Rd 361B
rand_string.Rd 324B
plant_tree.Rd 446B
mycor_ei.Rd 448B
tests
.DS_Store 6KB
working.R 2KB
testthat.R 101B
testthat
test_input_trees.R 1KB
.DS_Store 6KB
test_plot_trees.R 1KB
.Rproj.user
A80E4F2C
session-persistent-state 30B
sdb
prop
6B71A5C9 3B
9F78FD5B 3B
2ABEC865 3B
CE8873CB 3B
4C1C2C86 3B
E352D10B 3B
2806CE0D 3B
1D44545 3B
E27A3B84 3B
DF4B72F8 3B
AC7D7722 3B
82BA30E5 3B
4029AF3C 3B
53CDD708 3B
F6E34DA3 3B
INDEX 3KB
8B6E4127 3B
3CD39E53 3B
86444D0A 3B
366F39B2 3B
51EF6E1F 3B
A9F5080A 3B
FA59CB45 3B
cpp-definition-cache 3B
saved_source_markers 27B
pcs
workbench-pane.pper 65B
source-pane.pper 24B
files-pane.pper 186B
windowlayoutstate.pper 295B
rmd-outputs 5B
persistent-state 2KB
shared
notebooks
9EDB5755-SETUP_FIG_MYCODB
1
s
chunks.json 52B
A80E4F2C
chunks.json 52B
AC358AD-FORMAT_MYCODB
1
s
chunks.json 52B
A80E4F2C
chunks.json 52B
paths 708B
DESCRIPTION 810B
dualingTrees.Rproj 356B
.DS_Store 6KB
examples
blup_trees.pdf 22KB
ei_tree.png 1.2MB
blup_trees.png 528KB
ei_tree.pdf 61KB
README.md 5KB
共 80 条
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