Proj0_Analysis:在R中查看Codeml生成的数据在Project 0中运行

代码 零计划 项目须知 该项目旨在研究免疫相关基因（正典和候选）上选择的进化特征。 所有免疫基因（正反）都基于来自蜜蜂（ Apis mellifera ）的直系同源基因（Amel_HAv3.1，NCBI基因组）。 以前使用PAML的模块codeML进行过两种类型的分析，使用的基因产物密码子比对包括11种蜜蜂，包括蜜蜂。 基因集分为“免疫”和“随机”，免疫由“佳能”和“非佳能”组成。 所有比对由存在于所有11个物种中的1-1个单拷贝直系同源物组成。 那些不包括所有物种的物种被丢弃。 每个基因产物的进化速率是使用Codeml运行估算的，该运行考虑了整个给定系统发育中的整个基因产物。 使用这种方法，预期不会获得接近1（阳性选择）的dN / dS比值（Ω），因为特定位置的选择信号可能会丢失，因为该比值沿产品的长度平均。 取而代之的是，这有望提供相对的进化速率规模。 主要分析包括选择特定分支地