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项目描述:该项目文件包含为Juglans cinerea (也称为胡桃木)上的项目创建的R脚本。 我们专注于确定胡桃木的范围如何响应过去的冰川运动而发生变化。 Hoban等。 (2010年)确定了胡桃的遗传模式受冰川模式影响最大,因此该研究增加了珍妮·罗梅罗·塞弗森和马丁·威廉姆斯实验室采样的个体。 我们还希望更具体地检查过去的数据源,以识别此分类单元的范围变化。 因此,该项目的工作流程如下所示: Github中为执行其中两个步骤而编写的代码; Alissa Brown( )创建了用于下载,投影和创建花粉和冰川图的代码。 这个Github项目分为两个部分:遗传分析,其中进行了遗传多样性和结构分析,以及一个胡桃木种分布模型,该模型被推算到过去的气候情景中。 这是这些项目需要的内容的描述: 遗传分析:我们使用了出版物Hoban等人的遗传数据。 (2010年)和2011年至2015年间对胡
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butternut-master.zip (30个子文件)
butternut-master
Images
butternut_gendiv_flowchart.jpg 83KB
butternut_sdms_flowchart.jpg 193KB
worflow_github.jpg 109KB
README.md 2KB
SDMs
SDMs_worldclim
SDM_generate_pseudoabsence_worldclim_only.R 4KB
SDM_variable_selection_worldclim_only.R 7KB
create_buffer_populationrange.R 2KB
SDM_reduced_spatialautocorrelation_worldclimonly.R 3KB
SDM_BRT_predictionmaps_worldclim_only.R 16KB
butternut_download_occurrence_records.R 19KB
README 2KB
genetic_analyses
before_reorg
IBD_comparison_11loci_8loci.R 5KB
genetic_diversity_code_11loci_8loci.R 11KB
indremoval_structureanalyses.R 4KB
fst_mean_lat_11loci_8loci.R 8KB
ind_removal_cluster_analysis.R 4KB
comparison_barplot.R 2KB
after_reorg
PCoA.R 4KB
sum_stats_nall_div.R 2KB
dist_to_edge_figures
dist_edge_hexp.R 5KB
dist_edge_fst.R 5KB
distedge_allrich.R 6KB
dist_edge_WO_NB_all_rich.R 6KB
latitude_figures
allrich_lat_woNB_wNB.R 13KB
geste_fst_lat.R 4KB
hexp_latitude.R 9KB
allelic_richness_latitude.R 9KB
README 366B
map_plotting_code.R 5KB
README 2KB
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