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calculate_mutational_burden:一个轻量级的python脚本来计算突变负担
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2021-04-27
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compute_mutational_burden 一个轻量级的python脚本,用于计算编码的突变负担。 运行calculate_mutational_burden calc_mutburden.py可以通过编辑wrapper.sh或直接从python运行。 请编辑wrapper.sh或运行以包含给定样本的以下详细信息 patient_id :正在考虑的样本的个人ID snv_handle :包含单核苷酸变体的MAF文件的路径 indel_handle :包含插入或删除变体的MAF文件的路径 coverage_handle :文本文件的路径,该文件仅包含所覆盖的体细胞基数 例子: python calc_mutburden.py -patient_id HCC1143 -snv /path/to/snvs.maf -indel /path/to/indels.maf -cover
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calculate_mutational_burden-master.zip (11个子文件)
calculate_mutational_burden-master
mutburden.wdl 1KB
Dockerfile 268B
requirements.txt 29B
functions.py 5KB
__init__.py 0B
calc_mutburden.py 2KB
README.md 1KB
test_data
HCC1143_TP_NT_HCC1143T_HCC1143N.oxoG3.maf.annotated 737KB
HCC1143_TP_NT_HCC1143T_HCC1143N.indel.capture.maf.annotated 2.95MB
HCC1143_TP_NT_HCC1143T_HCC1143N.somatic_mutation_covered_bases_capture.txt 9B
wrapper.sh 412B
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- 1
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林海靖
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