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bio-cwl-tools:有关生物学,生命科学相关应用程序的CWL CommandLineTools说明
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2021-05-18
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目标:收集和协作维护任何生物学/生命科学相关应用程序的 CommandLineTool描述。 非目标:软件包装或容器化,请访问 所有CWL工具描述均已获得Apache 2.0许可。 基础工具受一个或多个免费和开源软件许可的约束。 如何捐赠工具说明 我们欢迎对此存储库的拉取请求,以添加新的CWL工具描述! 对于我们已经拥有的工具,请将您的定义与现有描述进行比较,也许您可以帮助改进它们。 如果您将工具(或其子命令)用于与该存储库中的现有描述不同的目的,请在现有描述旁边将其作为单独的CWL文件提交。 请查看以获取样式指南和其他提示。 感谢您的贡献! 如何在自己的存储库中使用这些描述 您可以在自己的工作流程中使用四种不同的方式使用此存储库中的工具: 的添加到工作流的Git存储库中,通常在path tools 。 然后,您可以控制工作流程中使用的该存储库的确切版本。 将此仓库的全
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bio-cwl-tools:有关生物学,生命科学相关应用程序的CWL CommandLineTools说明 (210个子文件)
.all-contributorsrc 3KB
GATK-HaplotypeCaller.cwl 41KB
GATK-SelectVariants.cwl 29KB
GATK-VariantFiltration.cwl 24KB
bowtie_align.cwl 20KB
GATK-SplitNCigarReads.cwl 20KB
bowtie2_align.cwl 19KB
spades.cwl 15KB
unicycler.cwl 12KB
picard_AddOrReplaceReadGroups.cwl 7KB
fastq_dump.cwl 7KB
manorm.cwl 7KB
bedtools_genomecov.cwl 7KB
bismark_extract_methylation.cwl 7KB
lofreq_call.cwl 6KB
hopach.cwl 6KB
bowtie2_build.cwl 6KB
picard_CreateSequenceDictionary.cwl 6KB
trim_galore.cwl 6KB
fastqc_2.cwl 5KB
GATK-ApplyBQSR.cwl 5KB
homer-annotate-peaks-hist.cwl 5KB
GATK-MarkDuplicates.cwl 5KB
bowtie_build.cwl 5KB
crossmap.cwl 5KB
kraken2.cwl 5KB
bamtools_stats.cwl 5KB
STAR-Align.cwl 4KB
Lancet.cwl 4KB
nanoplot.cwl 4KB
deeptools_alignmentsieve.cwl 4KB
samtools_stats.cwl 4KB
nextclade.cwl 4KB
homer-make-metagene-profile.cwl 4KB
preseq_lc_extrap.cwl 4KB
homer-make-tag-directory.cwl 4KB
fastx_quality_stats.cwl 4KB
halliftover.cwl 4KB
MashMap.cwl 3KB
deseq_advanced.cwl 3KB
pca.cwl 3KB
bismark_align.cwl 3KB
multiqc.cwl 3KB
extract_fastq.cwl 3KB
bismark_report.cwl 3KB
GATK-BaseRecalibrator.cwl 3KB
bedtools_intersect.cwl 3KB
bandage-image.cwl 3KB
bzip2_compress.cwl 3KB
bedtools_getfasta.cwl 3KB
Kallisto-Quant.cwl 3KB
deeptools_bamCoverage.cwl 3KB
picard_MarkDuplicates.cwl 2KB
nucleoatac.cwl 2KB
odgi_sort.cwl 2KB
GATK-FixMateInformation.cwl 2KB
qualimap_rnaseq.cwl 2KB
fastp.cwl 2KB
bedtools_merge.cwl 2KB
mafft.cwl 2KB
bedtools_bamtobed_2.cwl 2KB
odgi_viz.cwl 2KB
custom_bash.cwl 2KB
bismark_prepare_genome.cwl 2KB
bowtie2.cwl 2KB
bandage-info.cwl 2KB
BWA-Mem.cwl 2KB
prefetch.cwl 2KB
odgi_bin.cwl 2KB
grep.cwl 2KB
odgi_build.cwl 2KB
minimap2_paf.cwl 2KB
ivar_trim.cwl 2KB
picard_SortSam.cwl 2KB
phantompeakqualtools.cwl 2KB
minimap2_sam.cwl 2KB
samtools_view_count_alignments.cwl 2KB
deeptools_plotFingerprint.cwl 1KB
component_segmentation.cwl 1KB
odgi_pathindex.cwl 1KB
prefetch_fastq.cwl 1KB
awk.cwl 1KB
lofreq_viterbi.cwl 1KB
samtools_view_filter.cwl 1KB
deeptools_plotCoverage.cwl 1KB
GATK-FilterVariantTranches.cwl 1KB
GATK-CNNScoreVariants.cwl 1KB
seqkit_rmdup.cwl 1KB
Pizzly.cwl 1KB
samtools_sort.cwl 1016B
STAR-Index.cwl 1014B
GATK-FilterMutectCalls.cwl 986B
fastqc_1.cwl 922B
bedtools_bamtobed_1.cwl 887B
Kallisto-Index.cwl 869B
BWA-Index.cwl 792B
bedtools_slop_clip_to_chrom_boundaries.cwl 785B
samtools_fastq.cwl 782B
samtools_faidx.cwl 777B
bedtools_genomecov_bed2bedgraph.cwl 763B
共 210 条
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