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hAMRonization:将多个抗菌素耐药性分析报告解析为一个通用的数据结构
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2021-03-19
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hAMRonization 此回购包含hAMRonization模块,CLI解析器工具将完全不同的抗菌素耐药性基因检测工具的输出组合为一个统一的格式。 这是。 这支持各种摘要选项,包括。 安装 此工具需要python> = 3.7和并且可以从pip,conda,docker,此存储库或从Galaxy工具箱直接安装最新版本: pip install hAMRonization 或者 conda create --name hamronization --channel conda-forge --channel bioconda --channel defaults hamronization 或使用docker安装: docker pull finlaymaguire/hamronization:latest 或安装最新的开发版本: git clone https://github.
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hAMRonization-master.zip (80个子文件)
hAMRonization-master
docs
overview_figure.svg 141KB
interactive_report_demo.html 3.61MB
hAMRonization_specification_details.csv 9KB
overview_figure.png 218KB
hAMRonization
AribaIO.py 2KB
RgiIO.py 5KB
ResFinderIO.py 4KB
ResFinder4IO.py 2KB
ResFamsIO.py 2KB
hAMRonizedResult.py 3KB
__init__.py 4KB
SraxIO.py 1KB
summarize.py 31KB
StarAmrIO.py 2KB
CSStarIO.py 2KB
Srst2IO.py 1KB
AmrFinderPlusIO.py 4KB
README.md 507B
Interfaces.py 10KB
hamronize.py 152B
KmerResistanceIO.py 2KB
AmrPlusPlusIO.py 2KB
GrootIO.py 2KB
DeepArgIO.py 2KB
AbricateIO.py 1KB
.github
workflows
test_package.yml 2KB
dockerpublish.yml 854B
python_publish.yml 857B
test
data
raw_outputs
kmerresistance
results.res 7KB
srax
sraX_detected_ARGs.tsv 963B
ariba
report.tsv 94KB
rgi
rgi.txt 97KB
rgi.json 3.46MB
rgibwt
Kp11_bwtoutput.gene_mapping_data.txt 44KB
staramr
resfinder.tsv 15KB
groot
report.tsv 1KB
pointfinder
report.tsv 1KB
resfinder4
ResFinder_results_tab.txt 2KB
abricate
report.tsv 1KB
deeparg
output.mapping.potential.ARG 950KB
output.mapping.ARG 5.14MB
sstar
report.tsv 1KB
srst2
SAMN13064234_srst2_report.tsv 2KB
resfinder
data_resfinder.json 8KB
amrplusplus
gene.tsv 11KB
mykrobe
report.json 4KB
amrfinder
report_protein.tsv 3KB
report_nucleotide.tsv 2KB
resfams
resfams.tblout 763KB
SAMN13064234_srst2_report.tsv 2KB
run_test.sh 8KB
__init__.py 0B
dummy
kmerresistance
results.res 235B
srax
sraX_detected_ARGs.tsv 236B
ariba
report.tsv 607B
rgi
rgi.txt 3KB
rgi.json 10KB
staramr
resfinder.tsv 1KB
groot
groot_report.tsv 60B
deepARG
output.mapping.potential.ARG 950KB
output.mapping.ARG. 287B
resfinder4
ResFinder_results_tab.txt 293B
abricate
report.tsv 302B
sstar
report.tsv 44B
srst2
report.tsv 216B
resfinder
data_resfinder.json 1KB
amrplusplus
gene.tsv 140B
amrfinder
report.tsv 675B
test_sanity.py 25KB
README.md 2KB
schema
antimicrobial_resistance_genomic_analysis_result.schema.json 9KB
antimicrobial_resistance_genomic_analysis_result.schema.avro 4KB
antimicrobial_resistance_genomic_analysis_result.schema.yml 5KB
antimicrobial_resistance_genomic_analysis_result.schema.jsonld 9KB
Dockerfile 850B
setup.cfg 229B
setup.py 2KB
.gitignore 38B
README.md 14KB
LICENSE.txt 7KB
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