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BepiTBR:使用基于T细胞的预测改进的B细胞表位预测
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2021-02-18
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BepiTBR 使用基于T细胞的预测改进的B细胞表位预测 介绍 从抗原序列预测B细胞表位的能力对于生物医学研究和许多临床应用至关重要。 然而,尽管在过去的20年中付出了巨大的努力,即使最好的B细胞表位预测软件的性能仍然不高。 基于TB互惠性的思想,BepIBR是一种B细胞表位预测模型,通过结合CD4 + T细胞表位预测可证明其性能得到改善。 对BepiTBR和其他生物信息工具感兴趣的更多信息的研究人员可以访问Wang Tao博士的。 入门 系统要求 BepiTBR需要具有基本实用程序的linux x86-64操作系统(已在RHEL 6,内核3.10.0-693和Ubuntu 18.04、20.04上测试)。 安装 BepiTBR用python,raku和R编写,可以从下载。 请注意,某些依赖项需要手动安装。 依存关系 Raku v6.d或更高版本python 3.6.4+ R 3.6
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BepiTBR-main.zip (67个子文件)
BepiTBR-main
BepiTBR_full.raku 5KB
BepiTBR_fasta.raku 2KB
script
wrapper_T_cell_epitopes.raku 3KB
B_cell_epitopes.raku 4KB
Ind-positive.txt 51KB
prediction.R 3KB
T_cell_epitopes.raku 7KB
cutoff1.5_bundary180_bin20_mid2mid_bepipred2.0_MixMHC2pred_seed449_alpha1_lambda0.021_modelsAndData.RData 3.2MB
wrapper_B_cell_epitopes.raku 3KB
cutoff1.5_bundary180_bin20_mid2mid_bepipred1.0_MixMHC2pred_seed449_alpha0.8_lambda0.021_modelsAndData.RData 2.49MB
ind_validation_subset.txt 25KB
cutoff2_bundary180_bin20_mid2mid_LBEEP_MixMHC2pred_seed449_alpha0.7_lambda0.001_modelsAndData.RData 2.2MB
processed2csv_production.py 16KB
BepiTBR.raku 5KB
examples
example_output
test_output_BepiTBR_fasta
Positive_IEDB_ID_123439
predictions.txt 39KB
binned_csv2
motif.txt.csv 177KB
Bepi.tar.gz 60KB
Tepi.tar.gz 7.37MB
binned_csv1.5
motif.txt.csv 174KB
input
-1q 317B
Tepi
MixMHC2pred_out.txt 37KB
information.txt 43B
netMHCIIpan_out.txt 483B
motif.txt 15KB
bepipred1.0.out.tmp 3KB
full.fasta 542B
full.txt 281KB
bepipred2.0.out.tmp 4KB
Positive_IEDB_ID_114414
predictions.txt 19KB
binned_csv2
motif.txt.csv 83KB
Bepi.tar.gz 28KB
Tepi.tar.gz 55KB
binned_csv1.5
motif.txt.csv 83KB
input
Tepi
MixMHC2pred_out.txt 15KB
information.txt 43B
netMHCIIpan_out.txt 483B
motif.txt 7KB
bepipred1.0.out.tmp 2KB
full.fasta 268B
full.txt 67KB
bepipred2.0.out.tmp 2KB
test_output_BepiTBR_full
predictions.txt 13KB
binned_csv2
motif.txt.csv 59KB
Bepi.tar.gz 20KB
Tepi.tar.gz 28KB
binned_csv1.5
motif.txt.csv 59KB
input
Tepi
MixMHC2pred_out.txt 9KB
information.txt 43B
netMHCIIpan_out.txt 483B
motif.txt 5KB
bepipred1.0.out.tmp 1KB
full.fasta 198B
full.txt 36KB
bepipred2.0.out.tmp 2KB
test_output_BepiTBR
predictions.txt 1008B
binned_csv2
Ind-positive.txt.csv 6KB
Bepi.tar.gz 2KB
Tepi.tar.gz 94KB
binned_csv1.5
Ind-positive.txt.csv 6KB
test_data_BepiTBR
Ind-positive.txt 410B
peptide_with_full_length.txt 1.08MB
test_data_BepiTBR_fasta
peptide_with_full_length.txt 854B
test_data_BepiTBR_full
example_full.txt 193B
LICENSE 34KB
QBRC.jpg 8KB
README.md 10KB
data.zip 3.71MB
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参丸
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