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coessentiality:与“共同模块的全基因组年鉴将功能分配给未表征的基因”的同伴(https
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2021-05-04
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概述 与“”相对应。 包含用于生成必需基因对,必需模块以及具有癌症特定类型依赖性的模块的代码。 即将推出:生成二维布局的代码(图1C)。 有关与本文关联的Web工具,请参阅 。 代码文件 :生成必需的基因对。 :使用来自#1的基因对生成必需模块。 :使用#1和#2中的基因对和模块来枚举具有特定癌症类型依赖性的模块。 :加载并偏置校正CRISPR屏幕。 由#1和#3使用。 所需的外部文件 :从在“DepMap公共18Q3”发布CRISPR屏幕 。 对于generic_pairs.py和cancer_type_dependencies.py是必需的。 :gene_effect.csv中细胞系的元数据。 对于generic_pairs.py和cancer_type_dependencies.py是必需的。 : Java可执行文件。 对于modules.py是必需的。
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coessentiality-master.zip (7个子文件)
coessentiality-master
cancer_type_dependencies.py 2KB
load_screens.py 956B
gene_pairs.py 2KB
modules.py 835B
LICENSE 1KB
README.md 2KB
olfactory_genes.txt 3KB
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蜜柚酱Lolita
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