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LeafGasExchange:一个R软件包,用于拟合和模拟叶面气体交换
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2021-02-13
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LeafGasExchange R套件,用于拟合和模拟叶面气体交换。 该软件包使用4个主要功能工作。 函数f.make.param允许构建光合作用参数(Vcmax,Jmax,动力学常数等)列表,程序包的其他功能使用该列表来模拟光合作用。 默认情况下,对f.make.param()的调用提供了FATES模型中用于热带森林的参数列表。 还可以实现其他TBM的参数,例如CLM4.5,ORCHIDEE和JULES。 TBM的选择会修改参数列表,还会修改用于模拟光合作用的方程式。 例如,ORCHIDEE考虑了叶肉电导,而其他TBM没有考虑。 f.Aci函数允许使用叶片温度,细胞内CO [2]和光强度作为输入变量来模拟光合速率。 函数fA将光合作用模型与电导模型(USO或USO_simpl)耦合,并使用气温,叶片温度,光强度,叶片表面CO2和湿度模拟光合速率。 最终,功能f.AT除了使用气K
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LeafGasExchange-master.zip (63个子文件)
LeafGasExchange-master
vignettes
Simulation_of_leaf_photosynthesis.Rmd 5KB
Canopy_scaling.Rmd 6KB
Simulation_of_leaf_photosynthesis.md 11KB
Aci_fitting.md 6KB
Canopy_scaling_files
figure-gfm
unnamed-chunk-3-3.png 10KB
unnamed-chunk-4-1.png 11KB
unnamed-chunk-3-1.png 6KB
unnamed-chunk-4-2.png 12KB
unnamed-chunk-3-4.png 11KB
unnamed-chunk-3-2.png 11KB
unnamed-chunk-2-1.png 4KB
Scaling_UP.png 160KB
Canopy_scaling.md 8KB
Simulation_of_leaf_photosynthesis_files
figure-gfm
unnamed-chunk-10-1.png 3KB
unnamed-chunk-9-1.png 3KB
unnamed-chunk-11-1.png 4KB
Aci_fitting.Rmd 5KB
Aci_fitting_files
figure-gfm
unnamed-chunk-7-1.png 7KB
unnamed-chunk-4-1.png 7KB
unnamed-chunk-3-1.png 7KB
unnamed-chunk-4-2.png 7KB
unnamed-chunk-3-2.png 7KB
unnamed-chunk-2-1.png 7KB
NAMESPACE 582B
DESCRIPTION 1KB
R
Import_functions.R 2KB
Photosynthesis_functions.R 48KB
Canopy_scaling.R 34KB
.Rbuildignore 28B
LICENSE 34KB
README.md 2KB
man
f.Q10.modified.Rd 866B
f.solv.Acc.Rd 482B
f.modified.arrhenius.inv.Rd 768B
f.solv.Rd 413B
f.GPP.Rd 3KB
f.VcmaxRef.LAI.Rd 3KB
f.logit.Rd 397B
f.modified.arrhenius.Rd 1KB
f.MinusLogL.Rd 3KB
f.smooth.Rd 649B
f.A.Rd 1KB
f.make.param.Rd 5KB
f.gsmin.Rd 1KB
f.ci.treshold.Rd 595B
f.arrhenius.inv.Rd 658B
f.logistic.Rd 499B
f.SumSq.Rd 568B
f.canopy.interception.Rd 1KB
f.solv.cc.Rd 381B
f.import_licor6400.Rd 724B
f.Q10.Rd 828B
f.Aci.Rd 591B
f.fitting.Rd 2KB
f.arrhenius.Rd 1KB
f.AT.Rd 2KB
f.import_licor6800.Rd 922B
f.ds.Rd 626B
f.gsmax.Rd 1KB
f.gs.Rd 2KB
f.plot.Rd 1KB
.gitignore 98B
LeafGasExchange_0.0.0.9000.pdf 128KB
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