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treeBreaker:基于树的叶子的表型将系统发育树划分为段的算法
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2021-05-01
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破树人 TreeBreaker可以推断系统发育树上离散表型分布的演变,并将树划分为恒定分布的片段。 有关TreeBreaker的工作原理的更多详细信息,请参见M Azim Ansari和Xavier Didelot撰写的手稿“系统发育树上表型分布演变的贝叶斯推断”,Genetics 2016 204:89-98 使用TreeBreaker作为R包 可以安装TreeBreaker并将其用作独立应用程序,如下所述。 可替代地,也TreeBreaker可以用作A R包,如所描述。 编译TreeBreaker 要编译TreeBreaker,您需要GNU科学库(GSL)。 编译TreeBreaker的命令如下(假设您位于treeBreaker目录中): gcc -lgsl src/treeBreaker.c libs/knhx.c -o treeBreaker 如果您需要在本地安装
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treeBreaker-master.zip (27个子文件)
treeBreaker-master
testData
testTree.newick 3KB
modify_phylogeny.m 1KB
testData.png 72KB
phenoTestFile.txt 592B
vignettes
intro.Rmd 1KB
intro.html 1.25MB
NAMESPACE 266B
treeBreaker.Rproj 396B
DESCRIPTION 666B
src
Makevars 176B
treeBreaker.c 22KB
mainR.cpp 420B
RcppExports.cpp 827B
R
scripts
makeFigs.R 2KB
simu.R 3KB
package.R 148B
RcppExports.R 229B
treeBreaker.R 4KB
README.md 4KB
libs
knhx.c 22KB
kmath.h 1KB
kmath.c 14KB
knhx.h 6KB
man
readOutFile.Rd 321B
treeBreaker.Rd 843B
plot.resTreeBreaker.Rd 468B
.gitignore 212B
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孙洋Sonya
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