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gespeR:基因特异性表型估计
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2021-05-04
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gespeR:基因特异性表型估计 gespeR是一种新型模型,可从脱靶的混杂RNAi筛选中评估基因特异性表型。 将观察到的每个siRNA的表型建模为来自目标外基因和所有目标外基因的基因特异性表型的加权线性组合。 这种反卷积方法可产生高度可再现的表型,这对于siRNA筛选数据的无偏分析至关重要。 参考: Fabian Schmich,Ewa Szczurek,Saskia Kreibich,Sabrina Dilling,Daniel Andritschke,Alain Casanova,Shyan Huey Low,Simone Eicher,Simone Muntwiler,Mario Emmenlauer,Pauli Ramo,Raquel Conde-Alvarez,Christian von Mering,Wolf-Dietrich Dethh Hardt和Niko Beeren
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gespeR-master.zip (68个子文件)
gespeR-master
man
stability.selection.Rd 1KB
annotate.gsp-methods.Rd 972B
plot.gespeR.Rd 475B
values-methods.Rd 933B
target-relations-methods.Rd 627B
rbo.Rd 1KB
sub-TargetRelations-ANY-ANY-ANY-method.Rd 726B
gespeR-package.Rd 3KB
sub-Phenotypes-ANY-ANY-ANY-method.Rd 696B
as.data.frame.concordance.Rd 405B
c-Phenotypes-method.Rd 880B
gespeR-class.Rd 3KB
plot.Phenotypes.Rd 599B
path-methods.Rd 749B
TargetRelations-class.Rd 1KB
join-methods.Rd 930B
simData.Rd 1KB
scores-methods.Rd 769B
plot.concordance.Rd 700B
as.data.frame-Phenotypes-method.Rd 643B
stabilityfits.Rd 398B
concordance.Rd 2KB
stability-methods.Rd 1KB
lasso.rand.Rd 993B
Phenotypes-class.Rd 2KB
trmatrix-methods.Rd 1KB
na.rem-methods.Rd 695B
.Rapp.history 0B
gspssp-methods.Rd 770B
dim-Phenotypes-method.Rd 509B
.gitignore 73B
README.md 3KB
vignettes
gespeR.toc 219B
gespeR.pdf 183KB
gespeR-concordance.tex 183B
gespeR.synctex.gz 30KB
gespeR.Rnw 7KB
gespeR.log 21KB
tmp
gespeR-plot_phenotypes-1.pdf 5KB
gespeR-plot_cv-1.pdf 5KB
gespeR-plot_concordance-1.pdf 5KB
gespeR-plot_concordance-2.pdf 5KB
workflow
gespeR_deconvolute_screens.html 869KB
gespeR_GSPs.rds 1.96MB
gespeR_deconvolute_screens.Rmd 10KB
gespeR_fits.rds 20.48MB
gespeR.tex 16KB
DESCRIPTION 1KB
inst
extdata
TR_screen_A.rds 285KB
Phenotypes_screen_B.txt 30KB
TR_screen_B.rds 286KB
TR_screen_D.rds 285KB
TR_screen_C.rds 286KB
Phenotypes_screen_A.txt 31KB
Phenotypes_screen_D.txt 30KB
Phenotypes_screen_C.txt 30KB
example
gespeR-example.R 2KB
data_simulation.R 2KB
R
gespeR-methods.R 12KB
Phenotypes-class.R 8KB
gespeR-package.R 2KB
TargetRelations-class.R 4KB
gespeR-generics.R 5KB
gespeR-class.R 9KB
gespeR-concordance.R 10KB
gespeR-functions.R 8KB
data
stabilityfits.RData 1016KB
NAMESPACE 1KB
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