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Enset_tGBS:Enset tGBS方法
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2021-02-16
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设置tGBS 设置tGBS方法 此自述文件详细介绍了用于分析整体tGBS数据的方法。 follwowing目录中的QMUL apocrita群集已完成所有工作: /data/scratch/mpx469/tGBS_enset_project 所有脚本位于以下目录中 /data/scratch/mpx469/tGBS_enset_project/scripts 目录 将数据从本地硬盘驱动器导入apocrita 设置原始数据目录 mkdir /data/scratch/mpx469/tGBS_enset_project/Data2Bio_final 在本地终端中运行 rsync -avz --partial /drives/f/Genomic_data/Data2Bio_final/raw mpx469@login.hpc.qmul.ac.uk:/data/scratch/mpx469/
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Enset_tGBS-master.zip (72个子文件)
Enset_tGBS-master
bp_coverage_per_chr.R 3KB
script_convert_file_formats_distant_array.sh 1KB
script_blastn_taxonomy_array.sh 1KB
script_duplicates_distant_array.sh 3KB
script_populations_single_snp_array.sh 536B
script_populations_all_snps_array.sh 508B
script_raxml_ng_04_bootstrap_array.sh 477B
script_blastn_distant.sh 651B
blacklist_summary_stats.sh 1KB
script_trimmomatic_array.sh 594B
Rscript_join_loci_numbers.R 687B
script_01_trimmomatic_reads.sh 404B
script_populations_distant_all_snps_blacklist_array.sh 678B
write_popmap.R 667B
script_missingness.sh 781B
identify_sites_with_high_depth_distant.R 3KB
plot_populations_summary.R 670B
plot_plink_pca.R 2KB
script_03_count_process_radtags_reads.sh 492B
script_populations_distant_single_snp_array.sh 568B
script_duplicates_array.sh 3KB
plot_gstacks_summary.R 650B
script_bwa_index.sh 330B
relaxed_phy_to_nexus.py 399B
script_cutadapt_array.sh 603B
script_raxml_ng_01_parse.sh 733B
top_hit.R 734B
script_06_write_summary_tables.sh 1KB
script_populations_all_snps_blacklist_array.sh 638B
script_iq_tree_array.sh 471B
script_gstacks_array.sh 348B
script_raxml_ng_01_distant_parse.sh 749B
script_raxml_ng_03_tree_search_pars_array.sh 491B
script_process_radtags_array.sh 557B
script_02_cutadapt_reads.sh 400B
script_convert_file_formats_array.sh 1KB
identify_sites_with_high_depth.R 3KB
get_taxonomy.R 3KB
script_modeltest_ng_array.sh 563B
interleaved_phy_to_nexus.py 391B
script_site_depth_array.sh 685B
script_ftp_refseq_bacteria.sh 539B
script_raxml_ng_05_bsconverge.sh 486B
script_vcf_sort_index_distant_array.sh 1KB
plot_summary.R 643B
script_gstacks_distant_array.sh 372B
README.md 24KB
script_makeblastdb.sh 316B
script_identify_sites_with_high_depth_array.sh 352B
script_vcf_sort_index_array.sh 1KB
interleaved_phy_to_fasta.py 297B
blacklist_summary_stats_distant.sh 1KB
script_populations_single_snp_blacklist_array.sh 668B
script_populations_distant_all_snps_array.sh 540B
script_bayescan_example.sh 253B
interleaved_phy_to_sequential_phy.py 309B
script_blastn.sh 619B
script_04_count_bwa_mapped_reads.sh 947B
plot_plink_pca.sh 441B
script_map_reads_bedadeti_array.sh 1KB
create_summary_tables_xcm_bp_cov.R 1KB
script_modeltest_ng_distant_array.sh 595B
plot_populations_blacklist_summary.R 700B
script_raxml_ng_02_tree_search_rand_array.sh 490B
create_summary_tables_species_genera.R 2KB
script_site_depth_distant_array.sh 740B
script_populations_distant_single_snp_blacklist_array.sh 708B
script_identify_sites_with_high_depth_distant_array.sh 368B
plot_missingness.R 779B
script_00_raw_reads.sh 365B
script_bp_coverage_per_chr_array.sh 491B
script_05_count_samtools_mapped_reads.sh 731B
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米丝梨
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