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nextflowdualrnaseq
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2021-04-02
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nf-core / dualrnaseq 要运行管道,请安装并拉出以下内容: 下一个流 码头工人 git pull https://github.com/bhagesh-codebeast/nextflowdualrnaseq.git 样本数据存储在data/dualrnaseq/文件夹中。 注意:运行命令nextflow run main.nf -profile demo,docker执行管道。 引文 Philip Ewels,Alexander Peltzer,Sven Fillinger,Harshil Patel,Johannes Alneberg,Andreas Wilm,Maxime Ulysse Garcia,Paolo Di Tommaso和Sven Nahnsen。 Nat Biotechnol。 2020年2月13日。doi: 。 ReadCube:
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nextflow.config 9KB
test.config 2KB
test_full.config 2KB
demo.config 2KB
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genomes.config 1KB
Dockerfile 727B
adapters.fa 14KB
GRCh38.p13_sub.fasta 29KB
host_pathogen_transcriptome.fasta 18KB
SL1344_sub.fasta 16KB
sample_R3_2.fq 1.24MB
sample_R3_1.fq 1.24MB
sample_R2_2.fq 1.21MB
sample_R2_1.fq 1.21MB
sample_R1_1.fq 1.18MB
sample_R1_2.fq 1.18MB
SL1344_sub.gff3 8KB
Human_gencode.v33_sub.gff3 6KB
.gitattributes 36B
.gitignore 67B
email_template.html 2KB
nextflow_schema.json 45KB
LICENSE 1KB
LICENSE 1KB
parameters.md 34KB
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CONTRIBUTING.md 8KB
CITATIONS.md 6KB
CODE_OF_CONDUCT.md 3KB
bug_report.md 2KB
PULL_REQUEST_TEMPLATE.md 1KB
feature_request.md 824B
README.md 661B
README.md 513B
CHANGELOG.md 448B
README.md 21B
main.nf 166KB
RNA_class_stats_combined_host_salmon.png 340KB
RNA_class_stats_combined_host_salmon_al.png 339KB
RNA_class_stats_combined_host_htseq.png 330KB
RNA_class_stats_combined_pathogen_salmon_al.png 318KB
mapping_stats_samples_total_reads_htseq.png 307KB
mapping_stats_samples_total_reads_star.png 278KB
RNA_class_stats_combined_pathogen_salmon.png 269KB
mapping_stats_samples_percentage_htseq.png 256KB
RNA_class_stats_combined_pathogen_htseq.png 243KB
mapping_stats_samples_total_reads_salmon_al.png 240KB
mapping_stats_samples_percentage_star.png 227KB
mapping_stats_samples_total_reads_salmon.png 218KB
mapping_stats_samples_percentage_salmon.png 192KB
mapping_stats_samples_percentage_salmon_al.png 176KB
Workflow_diagram_dualrnaseq.png 149KB
nf-core-dualrnaseq_logo.png 111KB
nf-core-dualrnaseq_logo.png 111KB
scatter_plot_host_salmon_al.png 64KB
scatter_plot_host_salmon.png 54KB
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scatter_plot_pathogen_salmon_al.png 51KB
scatter_plot_host_HTseq.png 51KB
scatter_plot_pathogen_salmon.png 45KB
RNA_class_stats_sample_pathogen_salmon_al.png 42KB
RNA_class_stats_sample_host_salmon_al.png 37KB
RNA_class_stats_sample_host_salmon.png 34KB
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plot_mapping_stats_star.py 8KB
extract_annotations_from_gff.py 8KB
plot_mapping_statistics_salmon_alignment.py 6KB
plot_mapping_statistics_salmon.py 6KB
collect_quantification_data.py 5KB
scatter_plots.py 5KB
plot_RNA_class_stats_combined.py 4KB
extract_crossmapped_reads.py 4KB
gff_to_fasta_transcriptome.py 3KB
plot_RNA_class_stats_each.py 3KB
markdown_to_html.py 3KB
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combine_quant_annotations.py 2KB
combine_tables.py 2KB
scrape_software_versions.py 2KB
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tximport.R 2KB
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remove_crossmapped_reads_BAM.sh 1KB
split_quant_tables_salmon.sh 1KB
count_multi_mapped_read_pairs.sh 1KB
count_uniquely_mapped_read_pairs.sh 1KB
count_multi_mapped_reads.sh 1KB
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