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GenomicsFeatures:基因组特征矩阵分析
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2021-07-02
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#GenomicsFeatures ###基因组学特征矩阵分析 该项目包含一个用 Python 编写的 Google App Engine 应用程序,该应用程序执行以下任务: 将 tsv 格式的n x m特征矩阵转换为 csv 格式的文件,其中包含n x m行元组(特征、样本、值) - run_fmx_convert.py 在 Datastore 中为此数据构建模型 - model.py 运行一个仅限地图的 MapReduce 作业,将您从 GCS 转换的 csv 文件导入模型 - pipeline.py 也可以通过bulkload 机制导入数据,但速度很慢。 - run_upload_data.sh 在特征名称上定义和构建全文搜索索引。 - 搜索search.py 提供允许您执行以下操作的用户界面:- main.py 执行上面列出的大部分管理任务。 使用全文搜索查找特征。
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GenomicsFeatures:基因组特征矩阵分析 (134个子文件)
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Dockerfile 142B
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treeview-default.gif 1KB
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handlers.py 68KB
output_writers.py 56KB
model.py 39KB
storage_api.py 26KB
shuffler.py 24KB
encoder.py 15KB
cloudstorage_api.py 15KB
namespace_range.py 15KB
encoders.py 14KB
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common.py 14KB
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file_formats.py 13KB
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status.py 12KB
__init__.py 12KB
common.py 12KB
abstract_datastore_input_reader.py 11KB
common.py 11KB
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decoder.py 11KB
file_format_root.py 11KB
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base_handler.py 9KB
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file_format_parser.py 7KB
test_support.py 7KB
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main.py 7KB
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util.py 6KB
status_ui.py 6KB
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bar_chart.py 6KB
model_datastore_input_reader.py 6KB
output_writer.py 5KB
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control.py 4KB
mapper_pipeline.py 4KB
search.py 4KB
key_ranges.py 4KB
line_chart.py 4KB
errors.py 4KB
input_reader.py 4KB
sample_input_reader.py 3KB
main.py 3KB
hooks.py 3KB
gcs_file_seg_reader.py 3KB
map_job_context.py 3KB
errors.py 2KB
scanner.py 2KB
pipeline.py 2KB
__init__.py 2KB
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