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RdPCA:深入了解主成分分析
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2021-02-15
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具有读深度的主成分分析(RdPCA),用于scRNA-seq数据 具有读取深度的主成分分析(RdPCA)是主成分分析(RdPCA)的扩展,可从读取深度提取生物信号以改善scRNA-seq数据分析中的降维效果。 基本用法 fit_pca_linear在功能model.py返回RdPCA坐标。 fit_pca_linear(expr_mat, ndim_lat, cc_mat=None, size_factor=None, batch_mat=None, \tmodel='poisson', device=torch.device('cpu') ) expr_mat : n_sample x n_gene表达矩阵 ndim_lat :主要成ndim_lat cc_mat : n_sample x 2个细胞周期相位得分矩阵(例如,Seurat细胞周期得分) siz
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RdPCA-main.zip (6个子文件)
RdPCA-main
README.md 891B
src
.gitignore 12B
utils.py 462B
model.py 3KB
struct_pca_loss.py 2KB
struct_funcs.py 3KB
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白苏艾
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