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scbp:实用程序样板单单元功能
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2021-02-17
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单点 scbp是单细胞分析的实用程序功能的集合。 通常,绘图和薄包装功能扩展了Seurat实用程序。 安装 remotes :: install_github( " rnabioco/scbp " ) 密谋 library( scbp ) library( Seurat ) # > Attaching SeuratObject so <- get_example_data() plot_tsne( so , c( " groups " , " CST3 " )) # > [[1]] #> #> [[2]] plot_tsne( so , c( " groups " , " CST3 " ), group = " letter.idents " ) # > [[1]] #> #> [[2]] plot_tsne( so , " RNA_snn_res.1 " ,
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scbp-master.zip (56个子文件)
scbp-master
.github
.gitignore 7B
workflows
R-CMD-check.yaml 3KB
NAMESPACE 2KB
DESCRIPTION 1005B
inst
extdata
seurat_pbmc_small_v4.0.0.rds 68KB
R
da.R 2KB
plot.R 26KB
scbp-package.R 351B
zzz.R 88B
utils.R 39KB
scbp.Rproj 356B
.Rbuildignore 53B
README.md 6KB
man
get_example_data.Rd 214B
figures
README-example-2.png 23KB
README-unnamed-chunk-7-1.png 25KB
README-example-4.png 15KB
README-unnamed-chunk-5-1.png 52KB
README-unnamed-chunk-8-1.png 25KB
README-unnamed-chunk-6-1.png 68KB
README-unnamed-chunk-4-1.png 53KB
README-example-3.png 25KB
README-unnamed-chunk-2-1.png 24KB
README-unnamed-chunk-9-1.png 25KB
README-unnamed-chunk-3-1.png 15KB
README-example-1.png 23KB
README-unnamed-chunk-2-2.png 25KB
ExportToCellbrowserFast.Rd 2KB
write_markers_xlsx.Rd 731B
closest_to_point.Rd 332B
plot_cell_proportions.Rd 551B
check_in_metadata.Rd 271B
jaccard_index.Rd 257B
run_fgsea.Rd 389B
get_metadata.Rd 557B
write_avg_expr.Rd 481B
plot_feature.Rd 3KB
plot_bc.Rd 397B
make_cellbrowser.Rd 3KB
scbp-package.Rd 491B
plot_heatmap.Rd 2KB
add_features.Rd 900B
add_clonotypes.Rd 411B
get_clonotypes.Rd 392B
downsample_cells.Rd 595B
calc_diversity.Rd 501B
get_cell_count_matrix.Rd 516B
jaccard_lists.Rd 445B
preprocess_bus.Rd 1003B
calc_da.Rd 859B
set_shared_orthologs.Rd 765B
plot_violins.Rd 933B
get_counts.Rd 328B
build_cellbrowser.Rd 598B
.gitignore 40B
README.Rmd 3KB
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