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HistoQC:HistoQC是用于数字病理切片的开源质量控制工具
共89个文件
js:25个
png:16个
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2021-05-13
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组织质量控制 HistoQC是用于数字病理切片的开源质量控制工具 要求 经过Python 3.6测试 要求: 滑坡 以及以下其他python包: python-openslide matplotlib 麻木 科学的 skimage 斯克莱恩 您可能可以使用类似(请注意python 3+要求)的方式安装python要求: pip3 install -r requirements.txt 库版本已与当前验证的版本挂钩。 更高版本可能会起作用,但可能无法实现跨站点/版本的可重复性(通常在质量控制中是一件坏事)。 Openslide二进制文件将必须根据单独的操作系统说明进行单独安装 可以使用随附的(7行)Dockerfile创建最基本的Docker映像。 基本用法 C:\Research\code\qc>python qc_pipeline.py --help usage: qc_
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HistoQC-master.zip (89个子文件)
HistoQC-master
pen
1k_version
pen_green.png 1.11MB
pen_green_mask.png 3KB
red_mask.png 116B
pen_red.png 1.28MB
pen_red_mask_back.png 275KB
pen_red_mask.png 4KB
Dockerfile 864B
CodeOfConduct.md 5KB
BlurDetectionModule.py 2KB
ContributingGuidelines.md 4KB
ClassificationModule.py 9KB
templates
template1.png 566KB
template3.png 581KB
template2.png 554KB
template4.png 575KB
requirements.txt 111B
BrightContrastModule.py 3KB
config_light.ini 4KB
models
pen_markings_he
pen_green.png 90KB
pen_green_mask.png 712B
pen_red.png 356KB
pen_red_mask.png 2KB
he.tsv 344B
coverslip_edge_he
coverslip_edge_mask.png 3KB
coverslip_edge.png 1.07MB
BaseImage.py 7KB
DeconvolutionModule.py 3KB
libopenslide-0.dll 183KB
config.ini 5KB
LICENSE.txt 2KB
qc_pipeline.py 10KB
Readme.md 4KB
AnnotationModule
config_example_GeoJSON.ini 1006B
TCGA-EJ-5518-01Z-00-DX1.xml 139KB
config_example_XML.ini 833B
geojson_example.json 90KB
HistogramModule.py 3KB
SaveModule.py 1KB
UserInterface
css
index.css 9KB
libs
jquery-1.12.4
jquery.min.js 95KB
.DS_Store 6KB
bootstrap
js
bootstrap-select.min.js 51KB
popper.min.js 20KB
bootstrap.bundle.min.js 66KB
bootstrap.min.js 48KB
css
bootstrap-select.min.css 11KB
bootstrap.css 174KB
bootstrap.min.css 141KB
bootstrap-reboot.min.css 4KB
bootstrap-grid.min.css 33KB
DataTables
datatables.min.js 2.19MB
.DS_Store 6KB
datatables.min.css 20KB
dataTables.cellEdit.js 10KB
dataTables.bootstrap4.min.js 2KB
dataTables.bootstrap4.min.css 5KB
d3-3.5.17
LICENSE 1KB
.DS_Store 6KB
d3.min.js 148KB
d3-tip-master
.gitignore 64B
.eslintrc.yaml 1KB
LICENSE 1KB
.DS_Store 6KB
index.js 9KB
.editorconfig 266B
d3-lasso
lasso.min.js 4KB
font-awesome
fontawesome-all.min.js 684KB
umap-js
umap-js.min.js 77KB
scripts
parallel_chart.js 7KB
table_init.js 4KB
image_init.js 7KB
data_load.js 7KB
select_mode.js 750B
global_config.js 3KB
index.js 6KB
scatter_chart.js 12KB
chart_init.js 4KB
bar_chart.js 8KB
global_vars.js 3KB
multi_select_mode.js 1KB
index.html 7KB
Data
.gitignore 72B
LightDarkModule.py 3KB
MorphologyModule.py 5KB
config_first.ini 2KB
BasicModule.py 3KB
BubbleRegionByRegion.py 5KB
config_clinical.ini 5KB
AnnotationModule.py 7KB
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Jeckaijew
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