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HistoQC-Tiling:对HistoQC的切片支持
共5个文件
py:2个
hqc_dockerfile:1个
ut_dockerfile:1个
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2021-03-15
08:41:35
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HistoQC平铺 对HistoQC的切片支持 这套程序和指令将基于进行质量控制分析,将高档的结果HistoQC蒙版与原始幻灯片分辨率相匹配,并基于给定的高档蒙版将幻灯片与HistoQC识别的有用区域进行平铺。 HistoQC安装:您可以参考安装说明,但是我建议您使用 。 只需将其复制到单独文件夹中的计算机上,并使用以下命令进行构建: docker build --no-cache -t histoqc/histoqc --build-arg user=YOUR_USERNAME -f HQC_Dockerfile . 不要忘记指定主机名,否则您冒着以root用户身份运行docker的风险,并且如果您的计算机上没有sudo,您将无法访问所有生成的文件。 运行HistoQC :要在我的容器中运行HistoQC,您可以: docker run --rm -it -v /hdd:/mnt h
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HistoQC-Tiling-main.zip (5个子文件)
HistoQC-Tiling-main
SVS_Tiler.py 9KB
UT_Dockerfile 489B
HQC_Dockerfile 407B
README.md 6KB
Upscaler.py 2KB
共 5 条
- 1
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迷荆
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