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selex-ngs-prep
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2021-04-06
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selex-ngs-prep Selex-ngs-prep是一个NextFlow工作流程,用于数据准备和对来自SELEX实验的下一代测序(NGS)文件进行质量评估。 该管道适用于FASTQ格式的多路分解的文件。 FASTQ文件中的序列应由5'引物,随机区域和3'引物组成。 工作流定位并修剪侧翼区域,按质量过滤序列并合并成对的末端读段。 它还提供有关SELEX实验成功与NGS运行质量的广泛信息。 我们开发的其他SELEX分析管道还需要使用selex-ngs-prep生成的FASTA文件,但是它可以用作独立的分析工作流程,以获取对实验数据的初步了解。 前提条件和安装 conda环境 需要一个像conda的python环境管理器。 尽管可以使用任何类似于conda的环境管理器,但已使用conda 4.9.0对工作流进行了测试。 有关安装的信息可以在以下位置找到: 可以将新软件包安装
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selex-ngs-prep-main.zip (90个子文件)
selex-ngs-prep-main
example_output
analysis.nt_distribution
R9.nt_distribution.csv 1008B
R0.nt_distribution.png 79KB
R7.nt_distribution.csv 1KB
R8.nt_distribution.csv 955B
R8.nt_distribution.png 79KB
nucleotide_composition.html 1.22MB
R2.nt_distribution.csv 1KB
R4.nt_distribution.png 78KB
R5.nt_distribution.png 78KB
R5.nt_distribution.csv 1KB
R3.nt_distribution.csv 1KB
nt_distribution.png 140KB
R0.nt_distribution.csv 1KB
R6.nt_distribution.png 79KB
R3.nt_distribution.png 79KB
R6.nt_distribution.csv 1KB
R7.nt_distribution.png 78KB
R9.nt_distribution.png 79KB
R2.nt_distribution.png 79KB
R4.nt_distribution.csv 1KB
selex.aptamers.rpm.csv 136B
analysis.ngs_quality
raw_plots
R9_S9_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 179KB
R8_S8_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 172KB
R9_S9_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 182KB
R6_S6_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 122KB
ngs_quality_reverse.png 162KB
R0_S1_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 129KB
R8_S8_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 153KB
R7_S7_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 137KB
R5_S5_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 132KB
R5_S5_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 162KB
R2_S2_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 122KB
R3_S3_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 156KB
R7_S7_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 171KB
R0_S1_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 162KB
R4_S4_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 154KB
R3_S3_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 126KB
R4_S4_L001_R1_001.fastq.ngs_quality.png 122KB
ngs_quality_forward.png 132KB
R6_S6_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 158KB
R2_S2_L001_R2_001.fastq.ngs_quality.png 156KB
ngs_quality_preprocessed.html 1.11MB
ngs_quality_raw.html 2.58MB
prepped_plots
R9.fastq.ngs_quality.png 89KB
R0.fastq.ngs_quality.png 70KB
R4.fastq.ngs_quality.png 66KB
R2.fastq.ngs_quality.png 67KB
R3.fastq.ngs_quality.png 68KB
R7.fastq.ngs_quality.png 80KB
R8.fastq.ngs_quality.png 84KB
R5.fastq.ngs_quality.png 71KB
ngs_quality_forward.png 84KB
R6.fastq.ngs_quality.png 70KB
selex.aptamers.csv 121B
analysis.selex_success
selex_success.log2.rpm.csv 1KB
selex_success.unique.log10.csv.png 86KB
selex_success.log10.csv 129B
selex_success.unique.log2.rpm.csv.png 102KB
selex_success.unique.log10.rpm.csv.png 87KB
selex_success.unique.log2.csv 315B
selex_success.unique.log10.rpm.csv 166B
selex_success.log2.csv 385B
selex_success.log2.rpm.csv.png 102KB
selex_success.unique.log2.rpm.csv 450B
selex_success.unique.log2.csv.png 96KB
selex_success.log10.rpm.csv 474B
selex_success.log10.csv.png 86KB
selex_success.log2.csv.png 96KB
selex_success.unique.log10.csv 107B
selex_success.log10.rpm.csv.png 87KB
analysis.preprocessing
preprocessing.perc.png 88KB
preprocessing_analysis.csv 372B
preprocessing.png 87KB
bin
ngs_quality_report_plot.Rmd 1KB
restrict_random_region_length.py 1KB
preprocessing_analysis.R 2KB
selex_nt_composition_plot_round.Rmd 119B
ngs_quality_report.R 3KB
ngs_quality_report_plot_round.Rmd 177B
selex_nt_composition_plot.r 5KB
selex_rpm.r 2KB
selex_analyse_log_duplicates.r 3KB
selex_nt_composition_plot.Rmd 918B
selex_dereplicate_fasta.py 5KB
selex_nt_composition.py 5KB
LICENSE 0B
selex-ngs-prep.nf 16KB
create_config.py 9KB
README.md 10KB
nextflow.config 1KB
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