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sra-comparator:一个比较各种短读对齐器的项目
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2021-02-15
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短读对齐 耐克·帕特尔 方法 该项目将探索Martin和Wang [3]描述的各种剪接感知的短读比对仪。 对齐器为STAR,TopHat,GSNAP,SpliceMap和MapSplice。 因为我们正在比较比对仪,所以将采用基于参考的策略进行转录组装配。 这五个对齐器以BAM或SAM格式输出,使其成为比较的理想选择。 该项目在使用i7处理器上的8核Linux环境中进行。 在此存储库中运行脚本之前,请考虑您正在使用的基因组的大小。 样本数据 该项目的测试涉及使用FASTQ文件形式的papida Aiptasia阅读。 QC测序运行用于产生少量读数。 该项目的输入应该是一个文件夹,该文件夹指示代表运行的FASTQ文件所在的位置。 此文件夹还应包含参考基因组,其可以是.fna格式。 为了进行初始测试,我将该文件夹定义为: ../AiptasiaReads 在此文件夹中,有50个FASTQ
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sra-comparator-master.zip (11个子文件)
sra-comparator-master
.gitignore 59B
starGenomeIndex.sh 394B
README.md 5KB
assemblyStats.sh 145B
mergeBam.sh 97B
star
starGenomeIndex.sh 394B
starAlign.sh 495B
assemble_transcriptome.sh 225B
starAlign.sh 495B
trim.sh 1KB
samTools.sh 618B
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