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SCENIC:SCENIC是一种R软件包,可从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型
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2021-05-03
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风景 SCENIC(单细胞重组网络推断和聚类)是一种从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型的计算方法。 该方法的描述和一些使用示例可在《。 当前在R(此存储库)和Python中有SCENIC的实现。 如果您不太喜欢使用R,我们建议您检查一下SCENIC(其中包含Nextflow工作流程)和Python / Jupyter笔记本,以轻松运行SCENIC (强烈建议您批量运行SCENIC或更大的数据集)。 然后,可以在R,Python或SCope(Web界面)中浏览任何实现的输出。 有关在R运行SCENIC的更多详细信息和安装说明,请参阅以下教程: 这些示例的输出位于: : 常见问题: 消息 2021/03/26: 新教程可 教程 2020/06/26: 该SCENICprotocol包括Nextflow工作流程,并pySCENIC笔记本现在正式发布。 有关详细信息
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SCENIC-master.zip (92个子文件)
SCENIC-master
Tutorials_JupyterNotebooks
SCENIC_tutorial_2-ExploringOutput.ipynb 5.19MB
SCENIC.png 70KB
SCENIC_tutorial_2-ExploringOutput.html 13.47MB
SCENIC_tutorial_1-RunningVSN.ipynb 18KB
SCENIC_tutorial_1-RunningVSN.html 439KB
.gitignore 246B
NAMESPACE 1KB
vignettes
detailedStep_3_scoreCells.Rmd 10KB
importing_pySCENIC.Rmd 4KB
detailedStep_2_createRegulons.Rmd 20KB
cell.csl 4KB
FAQ.md 8KB
detailedStep_4_aucell_binarize.Rmd 7KB
corrected.css 120B
detailedStep_0_geneFilter.Rmd 3KB
references.bib 3KB
SCENIC_Running.Rmd 34KB
SCENIC_Setup.Rmd 15KB
detailedStep_1_coexNetwork2modules.Rmd 9KB
R
class_ScenicOptions.R 19KB
aux_viewMotifs.R 3KB
add_cellAnnotation.R 1KB
plotTsne_compareSettings.R 2KB
aux_rss.R 5KB
aux_regulons.R 6KB
aux_geneFiltering.R 4KB
aux_exportsForArboreto.R 1KB
runSCENIC_4.R 9KB
aux_export2loom.R 6KB
runCorrelation.R 1014B
plotTsne_AUCellHtml.R 2KB
dotHeatmap.R 2KB
priv_openDev.R 717B
runSCENIC_2_createRegulons.R 20KB
tsneAUC.R 5KB
runSCENIC_2_createRegulons_Original.R 17KB
runGenie3.R 6KB
aux_importsFromPython.R 5KB
runSCENIC_3_scoreCells.R 9KB
plotTsne_AUCellApp.R 2KB
data_exports.R 108B
plotTsne_rgb.R 8KB
runSCENIC_1_coexNetwork2modules.R 9KB
data
defaultDbNames.RData 538B
.Rbuildignore 203B
LICENSE 6KB
man
regulonsToGeneLists.Rd 476B
runSCENIC_4_aucell_binarize.Rd 990B
runGenie3.Rd 2KB
getTF.Rd 757B
tsneAUC.Rd 1KB
dotHeatmap.Rd 1008B
exportsForArboreto.Rd 844B
getRegulonName.Rd 870B
getDbAnnotations.Rd 612B
importArboreto.Rd 648B
regulon_plotExpression.Rd 1KB
geneFiltering.Rd 1KB
defaultDbNames.Rd 337B
add_cell_annotation.Rd 440B
export2loom.Rd 1KB
plotTsne_compareSettings.Rd 1KB
runSCENIC_3_scoreCells.Rd 860B
plotTsne_AUCellApp.Rd 919B
plotRSS.Rd 1KB
ScenicOptions-class.Rd 5KB
selectRegulons.Rd 609B
onlyNonDuplicatedExtended.Rd 744B
importModulesGmt.Rd 1015B
runSCENIC_2_createRegulons.Rd 1KB
runCorrelation.Rd 988B
viewMotifs.Rd 2KB
runSCENIC_1_coexNetwork2modules.Rd 1KB
plotTsne_AUCellHtml.Rd 926B
calcRSS.Rd 504B
getDbTfs.Rd 482B
importAUCfromText.Rd 995B
plotEmb_rgb.Rd 2KB
README.md 3KB
inst
doc
importing_pySCENIC.html 1.05MB
detailedStep_1_coexNetwork2modules.html 631KB
detailedStep_4_aucell_binarize.html 629KB
detailedStep_0_geneFilter.html 730KB
SCENIC_Running.html 4.9MB
SCENIC_Setup.html 753KB
detailedStep_3_scoreCells.html 633KB
detailedStep_2_createRegulons.html 645KB
examples
mouseBrain_toy.loom 131KB
SCENIC.loom 149KB
CITATION 1KB
DESCRIPTION 837B
NEWS 1KB
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