TranSpotteR

传输点 该软件包旨在鉴定基因组中带注释和无注释的LINE1插入。 工作流程 1.提取有用的读物​​（ extract_reads ） 检索可能有助于推断插入的信息，包括不一致的信息，与内插序列比对的信息以及感兴趣区域的信息。 2.集群读取（ cluster_reads ） MAPQ> = 10的读取被视为唯一映射并聚集在一起。 3.组装读取集群（ construct_contigs ） 对于组装步骤，应用了采用Overlaps-Layout-Consensus（OLC）方法的自写组装功能，以将读取簇中的读取组装为更长的重叠群。 4.注释构造的读取（ annotate_contigs ） 重叠群被注释到它们对齐的区域。 首先，将重叠群与目标序列（例如Hot LINE1的共有序列）比对。 然后，读取的未比对部分将在基因组附近进行下一个比对。 第一个比对用作收集所有目的序列的“诱饵”，第