vcf2fhir

VCF到FHIR转换器 介绍 VCF格式的文件是下一代测序的通用语言，而正在成为电子病历互操作性的标准语言。 基于，越来越多的临床基因组学应用正在涌现。 在这里，我们提供了一个开放源代码实用程序，用于将变体从VCF格式转换为HL7 FHIR Genomics格式。 转换逻辑的详细信息在。 其他信息和案例研究在我们的中进行了。 从概念上讲，该实用程序将VCF作为输入并输出。 安装 在安装vcf2fhir之前，您需要安装cython和wheel。 pip install cython wheel 现在，从pip安装vcf2fhir二进制文件。 pip install vcf2fhir 快速范例 （一些示例VCF文件在） >> > import vcf2fhir >> > vcf_fhir_converter = vcf2fhir . Converter ( 'sample.vcf' ,