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Quickomics:智能查询工具,以直观,交互和信息丰富的方式探索组学数据
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2021-02-18
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快速组学 智能查询工具以直观,交互式和信息丰富的方式探索组学数据。 演示站点: : 教程: : 交互式图1: : 图1.选定的Quickomics函数应用于随时间变化的三种小鼠基因型的小胶质RNA-seq基因表达的数据集。 A)基于完整数据集的PCA突出显示了按小鼠年龄进行的原始样品分离,在该年龄下分离了细胞。 (B)火山图显示了差异表达的基因,与2mo_WT小胶质细胞相比,大多数基因在2mo KO中的表达减少。 出于间隔目的,绝对log2FC(倍数变化)和负log10调整后的p值分别以1.5和15为上限。 (C)两次比较之间的相关性分析表明,衰老和Cx3cr1-KO对基因表达具有相似的影响。 (D)模式聚类识别样品中具有相似表达的基因子集。 聚类主要由年龄驱动,KO基因型具有相似但较小的作用。 (E)所有样品的热图允许鉴定具有受年龄和/或基因型调节的表达的基因簇。
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Quickomics-master.zip (46个子文件)
Quickomics-master
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networkdata
LRRK2_Neuron_Protein.RData 8.15MB
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Mouse_microglia_RNA-Seq.RData 2.28MB
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Example_RNA_Seq_data
comparison.txt 217B
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README.md 6KB
heatmap.R 19KB
geneset.R 12KB
qcplot.R 15KB
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KawaiiLabsSol
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