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StampedeBLAST:在本地文件系统上运行 BLAST
共4个文件
md:1个
pl:1个
batch_script:1个
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2021-06-14
09:28:00
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踩踏爆炸 在本地文件系统上运行 BLAST:XSEDE-Stampede 使用此方法在 Stampede 的本地文件系统上运行BLAST 。 这种方法要求输入需要拆分成几个文件。 文件数将是作业所需的节点数。 这意味着如果将输入文件拆分为 20 个文件,则作业将需要 20 个节点。 由于让所有节点都访问文件系统会产生非常高的 IO 负载,因此需要将数据库移动到每个节点的本地磁盘。 这里还需要记住,数据库所在的并行文件系统中的文件夹至少需要有 60 个条带(请参阅上一节)。 假设我们要使用 10 个节点(10 个节点,每个节点 16 个核心,等于 160 个核心)。 首先,将输入文件拆分为所需的拆分次数: fasta-splitter.pl --n-parts 10 --measure count input.fasta 现在,有 10 个文件名: input.0 , input.1
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StampedeBLAST-master.zip (4个子文件)
StampedeBLAST-master
fasta-splitter.pl 11KB
task.sh 685B
batch_script 1KB
README.md 2KB
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