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treeCl:用python聚类系统发育树
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2021-05-29
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treeCl - 系统发育树聚类 treeCl是一个 python 包,用于通过系统发育相似性对基因家族进行聚类。 它需要一组比对,推断它们的系统发育树,并根据树间距离矩阵对它们进行聚类。 最后,它为每个集群计算一个单一的代表树。 你可以在阅读论文 安装 准备依赖 如果您的系统已经安装了python 2.7,cython,numpy和具有C ++ 11功能的编译器(例如gcc> = 4.7),则可以开始安装了。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
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treeCl:用python聚类系统发育树 (294个子文件)
RAxML_info.aamulti 5KB
RAxML_bestTree.aamulti 453B
bootstrap 2KB
class1_1.phy.bz2 140B
class1_1.fas.bz2 134B
MinSqTree.cc 112KB
ProblemParser.cc 5KB
newick.cc 4KB
collapse 6KB
Core 13KB
test.cpp 9KB
wrapper.cpp 2KB
geo_dm.csv 4KB
RAxML_info.dnamulti 4KB
RAxML_bestTree.dnamulti 665B
class1_1.fas 137B
.gitignore 805B
class2_1.json.gz 2KB
class3_4.json.gz 2KB
class1_2.json.gz 2KB
class1_3.json.gz 2KB
class3_2.json.gz 2KB
class2_2.json.gz 2KB
class1_4.json.gz 2KB
class3_5.json.gz 2KB
class1_1.json.gz 2KB
class1_5.json.gz 2KB
class3_1.json.gz 2KB
class2_5.json.gz 2KB
class2_3.json.gz 2KB
class2_4.json.gz 2KB
class3_3.json.gz 2KB
class1_1.phy.gz 145B
class1_1.fas.gz 122B
GeneralBlockPanelKernel.h 45KB
Functors.h 38KB
Memory.h 37KB
PlainObjectBase.h 35KB
BlockMethods.h 34KB
blas.h 33KB
TriangularMatrix.h 30KB
CwiseNullaryOp.h 29KB
FullPivLU.h 28KB
Transform.h 28KB
GeneralProduct.h 28KB
DenseCoeffsBase.h 27KB
VectorwiseOp.h 26KB
PacketMath.h 26KB
PermutationMatrix.h 25KB
MatrixBase.h 24KB
Assign.h 23KB
GeneralMatrixVector.h 23KB
DenseBase.h 22KB
MathFunctions.h 21KB
CoeffBasedProduct.h 19KB
PacketMath.h 18KB
Macros.h 18KB
SVD.h 18KB
TriangularMatrixMatrix.h 18KB
PartialPivLU.h 18KB
Complex.h 18KB
Matrix.h 17KB
XprHelper.h 17KB
Constants.h 17KB
DenseStorage.h 17KB
Quaternion.h 17KB
Block.h 16KB
GeneralMatrixMatrix.h 16KB
SelfadjointMatrixMatrix.h 15KB
MathFunctions.h 15KB
PacketMath.h 15KB
Transpositions.h 15KB
TriangularMatrixVector.h 15KB
Transpose.h 15KB
Inverse.h 14KB
Redux.h 14KB
TriangularSolverMatrix.h 14KB
GeneralMatrixMatrixTriangular.h 14KB
ForwardDeclarations.h 13KB
Inverse_SSE.h 13KB
BandMatrix.h 13KB
TriangularMatrixMatrix_MKL.h 13KB
GenericPacketMath.h 12KB
Array.h 12KB
Ref.h 12KB
DiagonalMatrix.h 11KB
SelfAdjointView.h 11KB
ProductBase.h 11KB
Assign_MKL.h 11KB
SelfadjointMatrixVector.h 10KB
Hyperplane.h 10KB
BlasUtil.h 10KB
SelfadjointMatrixMatrix_MKL.h 10KB
SolveTriangular.h 10KB
CwiseOperators.h 10KB
CwiseBinaryOp.h 10KB
Meta.h 10KB
TriangularMatrixVector_MKL.h 10KB
ArrayCwiseBinaryOps.h 9KB
Dot.h 9KB
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